MEROPS je online baza podataka za peptidaze (poznate i kao proteaze) i njihove inhibitore.^[2]Klasifikacijsku shemu peptidaza objavili su Rawlings & Barrett u 1993.^[3] a za proteinske inhibitore Rawlings et al., 2004.^[4]

Klasifikacija se temelji na sličnosti na razini tercijarne i primarne strukture. Poređenja su ograničene na taj dio sekvenci direktno uključenih u reakciju, koja u slučaju peptidaze mora da sadrži aktivno mjesto, i za inhibitor protein reaktivnog mjesta.

Klasifikacija je hijerarhijska: sekvence se vežu u porodice (familije), a one se dijele na klanove. Porodica se okuplja oko structure tipski primjer , sekvence koja je dobro okarakterana kao peptidaza ili inhibitor. Sve ostale sekvence u porodici moraju se odnositi na primjer tipske porodice, bilo direktno ili preko tranzitivnih odnosa koji uključuju jednu ili više sekvenci koje ispoljavaju takva svojstva koja ih čine članovima porodice. Tipski, Fasta ili BlastP se koristi za uspostavljanje odnosa sekvenci, uz vrijednosti očekivanja od 0,001 ili manje (<) statističkog značaja. Klan se također okupilja oko tipskog primjera, kod kojeg jstruktura dobro okarakterana, peptidaze ili inhibitora. Porodica je uključena u klan ako je tercijarna struktura, a članstvo u porodici može se pokazati da je sekvenca u vezi s tim primjerom tipa klana. Tipski, DALI se koristi za uspostavljanje članstva klana, sa z rezultatom od 6,00 standardinih devijacijskih jedinica ili iznad koje se smatraju statistički značajnim. Za peptidaze, drugi dokazi koji ukazuju na to da su u vezi s porodicom kada je tercijarna struktura odsutna, uključuje isti red katalitskog ostatka u sekvenci.

• The Proteolysis Map
• TopFIND – naučna baza podataka koja pokriva proteaze, specifičnost njihovog mjesta djelovanja, podloge, inhibitore i termine proteina koji potiču iz njihove aktivnosti
• Proteinska superporodica
• PA klan

• MEROPS database Arhivirano 14. 11. 2006. na Wayback Machine