MAP11

MAP11
Identifikatori
Aliasi
Vanjski ID-jeviGeneCards: [1]
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

n/a

n/a

Ensembl

n/a

n/a

UniProt

n
a

n/a

RefSeq (mRNK)

n/a

n/a

RefSeq (bjelančevina)

n/a

n/a

Lokacija (UCSC)n/an/a
PubMed pretragan/an/a
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek

MAP11 (skr. od: Mikroubula-asocirani protein 11) je protein koji je kod ljudi kodiran genom MAP11. Ranije je vio poznat pod generičkim imenom C7orf43.[1] C7orf43 nema drugi ljudski pseudonim, ali se u miševa može naći kao BC037034.[2]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 580 aminokiselina, а molekulska težina 62.597 Da.[3].

1020304050
MESQCDYSMYFPAVPLPPRAELAGDPGRYRALPRRNHLYLGETVRFLLVL
RCRGGAGSGTGGGPGLGSRGAWAELATALAALASVSAGGGMPGGGGAGDQ
DSEPPGGGDPGGGGLFRGCSPLLTHGPGPATSGGATTLPVEEPIVSTDEV
IFPLTVSLDRLPPGTPKAKIVVTVWKREIEAPEVRDQGYLRLLQTRSPGE
TFRGEQSAFKAQVSTLLTLLPPPVLRCRQFTVAGKHLTVLKVLNSSSQEE
ISIWDIRILPNFNASYLPVMPDGSVLLVDNVCHQSGEVSMGSFCRLPGTS
GCFPCPLNALEEHNFLFQLRGGEQPPPGAKEGLEVPLIAVVQWSTPKLPF
TQSIYTHYRLPSVRLDRPCFVMTASCKSPVRTYERFTVTYTLLNNLQDFL
AVRLVWTPEHAQAGKQLCEEERRAMQAALDSVVCHTPLNNLGFSRKGSAL
TFSVAFQALRTGLFELSQHMKLKLQFTASVSHPPPEARPLSRKSSPSSPA
VRDLVERHQASLGRSQSFSHQQPSRSHLMRSGSVMERRAITPPVASPVGR
PLYLPPDKAVLSLDKIAKRECKVLVVEPVK

Genski lokus

Kod ljudi, MAP11 nalazi se u dugom kraku hromosoma 7 (7q22.1), i nalazi se na negativnom (antisens) lancu.[1] Geni koji se nalaze oko C7orf43 uključuju GAL3ST4, LAMTOR4, GPC2.[1] Kod ljudi, C7orf43 ima devet otkrivenih uobičajenih jednonukleotidnih polimorfizama (SNP), koji se svi nalaze u nekodirajućim regijama i stoga ne utiču na aminokiselinsku sekvencu.[4]

Gensko susjedstvo gena C7orf43 na ljudskom hromosomu 7

iRNK

Prerađene varijante

Primarni transkript of izoforme 1 C7orf43 sa 11 egzona i 10 introna (NCBI Aceview:C7orf43)

MAP11 kodira dvije izoforme, dužu C7orf43 izoformu 1, od 2.585 sa 11 egzona i 10 intron.[1] C7orf43 izoforma 1 kodira protein dug 580 aminokiselina sa samo jednim mjestom poliadenilacije.[1] C7orf43 izoformA 2 duga je 2.085 parova baza i kodira protein od 311 aminokiselina. U više navrata prijavljene su dvije dodatne izoforme koje kodiraju proteine sa 199 i 206 aminokiselina.[5]

Protein

Sastav i domeni

Ljudski protein MAP11 ima izoelektričnu tačku od 8,94. MAP11 također ima glicin-bogato područje koje obuhvata aminokiseline 54 do 134.[6] Analiza pomoću alata SAPS SDSC Biology Workbencha pokazala je da ovo područje bogato glicinom nije konzervirano u smislu specifičnih položaja ostataka glicina, ali je dobro konzervirano u ukupnom sadržaju glicina u sisara i gmizavaca, iako ne u košljoriba.[7][8] C7orf43 uglavnom je nenaelektrisan, a ova neutralna raspodjela naboja očuvana je kod sisara i gmizavaca, ali košljoribe imaju najmanje jednu skupinu negativnog naboja [7][8] Predviđeno je da C7orf43 nema signalni peptid u svojih prvih 70 aminokiselinskih ostataka. Međutim, predviđa se da vakuolno ciljani motiv u ljudskom proteinu počinje od ostatka 258.[9] Pokazalo se da je ovaj motiv vakuolnog ciljanja konzerviran kod sisara, gmizavaca, ptica, vodozemaca i košljoriba.

Tkivna ekspresija

MAP11 ima široko rasprostranjenu umjerenu ekspresiju sa varijabilnošću tkiva do tkiva kod ljudi i kod ostalih sisarskih vrsta.[10][11] Pokazalo se da je mišji ortolog C7orf43 sveprisutno izražen u mozgu,[12] kao i kod mišjeg embrionskom centralnog nervnog sistema.[13]

Regulacija

MAP11 ima jednu promotorsku regiju, uzvodno od svog mjesta za transkripciju, kako je predviđeno Genomatix. Ovaj promotor je dug 657 parova baza i nalazi se na pozicijama 99756182 do 99756838 pb u negativnom lancu hromosoma 7.[14] Postoji nekoliko mjesta vezanja transkripcijskog faktora. koja se nalaze u ovom promotoru, uključujući mjesta vezanja za cinkov prst i faktore transkripcije slične Kruppelu.[15] 20 najboljih mjesta vezivanja transkripcije koje je predvidio ElDorado iz Genomatixa navedeno je u sljedećoj tablici.

Detaljni podaci o porodici Detaljni podaci o matriksu Početni položaj Položaj kraja Sidreni položaj Lanac Rezultat sličnosti matriksa Sekvenca
Brachyury gen, faktor razvoja mezoderma T-kutijski transkripcijski faktor TBX20 617 645 631 + 1 agcagccggAGGTgtcgggaccctctgga
C2H2 transkripcijski faktori cinkovog prsta 2 KRAB-proteion 300 sa cinkovim prstom 596 618 607 + 1 ccggccgCCCCagccgggcgcag
Domenski faktori replikacijske viljuške Alternativno prerađena varijanta FOXP1, aktivirana u ESC-ovima 37 53 45 – 1 aaaaaaaAACAaccctt
Gen pleomorfnog adenoma Gen 1 pleomorfnog adenoma 411 433 422 – 1 gaGGGGgcggggtcccgctgctc
Gen pleomorfnog adenoma Pleomorphic adenoma gene 1 464 486 475 – 1 gaGGGGgcgtggccgccgaggcc
Transkripcijski faktor II B RNK-polimeraze II Transkripcijski faktor II B (TFIIB) element prepoznavanja 197 203 200 + 1 ccgCGCC
Protein TGF-beta indicirane apoptoze Cistein-serin-bogati jedarni protein 1 (AXUD1, AXIN1 nadregulirani 1) 73 79 76 – 1 AGAGtga
GC-kutijski faktori SP1/GC Stimulirajući protein 1, sveprisutni faktor transkripcije cinkovih prstiju 418 434 426 – 0,998 ggaggGGGCggggtccc
Ljudski i mišji faktori ETS1 Ets varijanta 3 486 506 496 – 0,996 gagaaacaGGAAgcggaaggg
Kruepeloliki transkripcijski faktori Krueppeloliki faktor obogaćen crijevima / KLF4 469 485 477 – 0,994 agggggcGTGGccgccg
Dvošaki homeodomen transkripcijskih faktora cinkovog prsta AREB6 (Atp1a1 regulatorni faktor vezanja elementa 6) 495 507 501 + 0,994 ttcctGTTTctct
Transkripcijski faktor RU49 cinkovog prsta, proliferecija cinkovog prsta 1 - Zipro1 Transkripcijski faktor RU49 cinkovog prsta , proliferecija cinkovog prsta 1 - Zipro1). RU49 pokazuje snažnu sklonost vezivanju za tandemska ponavljanja minimalnog mjesta vezivanja za konsenzusni RU49. 522 528 525 + 0,994 cAGTAcc
Krueppeloliki transkripcijski faktori Sržni promotor-vezujući protein (CPBP) sa 3 Krueppel-tipom cinkovih prstiju (KLF6, ZF9) 418 434 426 – 0,992 ggagGGGGcggggtccc
C2H2 transkripcijski faktori cinkovog prsta 7 Protein 263 cinkovog prsta, ZKSCAN12 (zinc protein cinkovog prrsta 12 sa domenima KRAB i SCAN ) 425 439 432 + 0,99 cgccccCTCCtccac
C2H2 transkrippcijski faktori cinkovog prsta 6 Protein cinkovog prsta i BTB sa domenom 7, oroto-onkogen FBI-1, Pokémon (preferira sekundarno vezanje DNK) 252 264 258 – 0,989 caaGACCaccctg
Krueppeloliki transkripcijski faktori Kruppeloliki faktor 7 (sveprisutni, UKLF) 416 432 424 – 0,989 agggGGCGgggtcccgc
GC-kutijski faktori SP1/GC Transkripcijski faktor Sp4 471 487 479 – 0,986 ggagggGGCGtggccgc
Krueppeloliki transkripcijski faktori Krueppeloliki faktor obogaćen crijevima 137 153 145 + 0,986 gggctcAAAGgatcctc
Krueppeloliki transkripcijski faktori Krueppeloliki faktor 2 (plućni) (LKLF) 641 657 649 – 0,986 cgctaGGGTgggtccag
Ljudska i mišja varijanta and faktora ETS1 Ets varijanta 1 6 26 16 – 0,984 ttctcccaGGAAgattctcca

Reference

  1. ^ a b c d e "C7orf43 chromosome 7 open reading frame 43 [ Homo sapiens (human) ]". NCBI Gene. Pristupljeno 9. 5. 2015.
  2. ^ "BC037034 cDNA sequence BC037034 [ Mus musculus (house mouse) ]". NCBI Gene. Pristupljeno 9. 5. 2015.
  3. ^ "UniProt, Q8WVR3". Pristupljeno 26. 9. 2021.
  4. ^ "C7orf43 UCSC Genome Browser". UCSC Genome Browser. Pristupljeno 1. 5. 2015.
  5. ^ "Q8WVR3 -CG043_HUMAN". UniProt. Pristupljeno 8. 5. 2015.
  6. ^ "Uncharacterized protein C7orf43 [Homo sapiens]". NCBI Protein. Pristupljeno 8. 5. 2015.
  7. ^ a b Brendel, V.; Bucher, P.; Nourbakhsh, I.R.; Blaisdell, B.E. & Karlin, S. "Methods and algorithms for statistical analysis of protein sequences". SAPS (Statistical Analysis of PS). Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. PMID 1549558. Pristupljeno 26. 4. 2015.
  8. ^ a b "SDSC Biology Workbench". Department of Bioengineering. University of California Sand Diego. Pristupljeno 1. 5. 2015.
  9. ^ Nakai, K; Horton, P (januar 1999). "PSORT: a program for detecting sorting signals in proteins and predicting their subcellular localization". Trends in Biochemical Sciences. 24 (1): 34–6. doi:10.1016/s0968-0004(98)01336-x. PMID 10087920.
  10. ^ "C7orf43-Large-scale analysis of the human transcriptome (HG-U133A)". NCBI GEO Profiles. Pristupljeno 2. 4. 2015.
  11. ^ "C7orf43-Multiple normal tissues". NCBI GEO Profiles. Pristupljeno 2. 4. 2015.
  12. ^ "BC037034-sagittal". Allen Brain Atlas. Pristupljeno 2. 4. 2015.
  13. ^ "BC037034 expression". GenePaint. Arhivirano s originala, 26. 9. 2021. Pristupljeno 2. 4. 2015.
  14. ^ "C7orf43 promoter GXP_116482". Genomatix. Pristupljeno 5. 4. 2015.[mrtav link]
  15. ^ "C7orf43-promoter binding sites". Genomatix. Pristupljeno 5. 4. 2015.[mrtav link]

Dopunska literatura

Vanjski linkovi

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.