Общината обхваща най-североизточната част на област Бургас. С площта си от 420,443 km² заема 9-о място сред 13-те общини на областта, което съставлява 5,43% от територията на областта. Границите ѝ са следните:
В територията на община Несебър се разграничават три зони: крайбрежна, равнинна и планинска. Близо 3/4 от територията на общината се заема от най-източните части на Източна Стара планина, съответно Еминска планина с най-висока точка връх Гьозтепе (520 m), разположен на около 5 – 6 km на север-северозапад от село Кошарица. Останалата, южна и югозападна част на общината, е равнинна и се заема от широката и плоска долина на Хаджийска река и притокът ѝ Бяла река.
Водите са морски, подпочвени и речни. Цялата територия на общината попада към Черноморския водосборен басейн. Основните реки са две: на юг Хаджийска река с левия си приток Бяла река и на север, по границата с област Варна – река Двойница с десния си приток Курудере. На Хаджийска река, северозападно от село Тънково е изграден големия язовир „Порой“, водите на който се използват предимно за напояване.
Климатът е умерено-континентален, а по крайбрежието е с морско влияние. Почвите са предимно канелено горски.
Плажните ресурси на общината са сред най-големите на българското черноморско крайбрежие и възлизат на 1517 дка с общ капацитет 139 450 плажни места. Тези природни ресурси са най-важният фактор, който определя и формира основната отраслова структура на общинската икономика – стопански туризъм, отдих и спорт.
Пясъчни дюни
Пясъчните дюни са образувания с млад еволюционен процес и с много малко съдържание на свързващи вещества, поради което цялостният почвено-растителен комплекс е изключително крехка екосистема, която лесно се наранява и разпада.
Пясъчните дюни в землището на Несебър са 5 на брой – с обща площ около тях 10 хектара. Там върху специфична екологична среда в продължение на векове са възникнали растителни формации от изключително редки храстови, цветни и тревни видове. Те са представители на така наречената псамофитна (пясъчна) флора, но някои от тях вече са в „Червената книга“ на България. Сред тях са: пясъчна лилия, равенски ериантус, морски ветрогон и морски ранилист. Освен тези характерни за дюните и пясъчните територии растения, има още редица красиви и интересни видове. Те също създават специфичен облик на отделните местности и са интересни за ботаниците. Сред тях са пясъчен мак, жълт пясъчен лен, пясъчна дзука, марзденията и други.
Дюните край Несебър са обявени за природна забележителност още през 1976 г. от тогавашното Министерство на горите. По-късно пясъчните образувания влизат и в регистъра и кадастъра на природните феномени, изготвен по искане на Екоминистерството през 2001 г.[1]
Населени места
Общината се състои от 14 населени места. Списък на населените места, подредени по азбучен ред, население и площ на землищата им:[2]
Защитена местност „Калината“ – намира се до село Тънково и село Кошарица, община Несебър, на 10 km западно от курорта Слънчев бряг. Територията ѝ е с площ от 1100 декара. Представлява естествен дом за 75 редки дървесни, храстови и тревни видове, от които 27 декоративни и 19 лечебни растения. Пет от видовете са включени в „Червената книга“ на България, като най-ценният от тях е блатното кокиче. Тук се срещат още: заливна лонгозна гора на над 200 години, вековни полски ясени (Fraxinus angustifolia), полски кленове (Acer campestre), полски брястове (Ulmus minor), летен дъб (Quercus robur), космати дъбове (Quercus pubescens), церове (Quercus cerris), различни храсти и увивна растителност.[3]
Административно-териториални промени
Заповед на околийския началник от 1886 г. – преименува с. Куру дере (Раково) на с. Раковсково;
Протокол № 28/07.02.1887 г. на Бургаския окръжен съвет – преименува с. Алчак дере на с. Паницово;
Указ № 577/обн. 05.12.1899 г. – преименува с. Фъндаклии (Фундуклии) на с. Лесково;
Поземления фонд на общината е разпределен както следва: държавен фонд – 187007 дка, частна собственост са 126580 дка и общинска е собствеността върху 64832 дка. Най-голяма площ заемат горските територии 213597 дка, или 50,8% от площта на общината. Земеделските територии покриват площ от 177129 дка, а размерът на обработваемата земя в земеделските територии е 115201 дка. Територията на населените места и други урбанизирани територии са с площ 20440 дка. Останалата част от територията на общината се заема от водни площи – 6919 дка, територии за добив на полезни изкопаеми и депа за отпадъци – 416 дка и територии за транспорт и инфраструктура – 1942 дка.
В съответствие с климатичните и почвени условия Община Несебър е с исторически традиции в лозарството и овощарството.