Saat ini, Gereja Kristen Jawi Wetan terdiri atas 4 Rayon Wilayah Pelayanan, 14 Majelis Daerah atau Klasis, 181 Jemaat, dan lebih dari 150 Pepanthan atau pos pelayanan, yaitu Gereja yang belum didewasakan menjadi Jemaat, yang meliputi:

Rayon Blambangan terdiri dari Majelis Daerah atau Klasis Besuki Timur dan Besuki Barat.

1. GKJW Ranurejo
   1. Pepanthan Sidodadi
2. GKJW Wonorejo (Banyuputih, Kabupaten Situbondo)
3. GKJW Banyuwangi
   1. Pepanthan Muncar
   2. Pepanthan Sukorojo
4. GKJW Tulungrejo (Glenmore, Kabupaten Banyuwangi)
   1. Pepanthan Kalibaru
   2. Pepanthan Krikilan
5. GKJW Genteng
6. GKJW Jajag
7. GKJW Purwodadi (Gambiran, Kabupaten Banyuwangi)
   1. Pepanthan Karangdoro
   2. Pepanthan Curahjati
   3. Pepanthan Bulurejo
   4. Pepanthan Purwoasri
8. GKJW Purwosari (Siliragung, Kabupaten Banyuwangi)
   1. Pepanthan Kesilir
9. GKJW Pesanggaran
   1. Pepanthan Ringin Mulyo
10. GKJW Sumberagung

1. GKJW Bondowoso
   1. Pepanthan Besuki
2. GKJW Jember
   1. Pepanthan Suci
3. GKJW Jatiroto
4. GKJW Lumajang
   1. Pepanthan Bades
   2. Pepanthan Dampar
5. GKJW Rejoagung
   1. Pepanthan Tanggul
   2. Pepanthan Semboro
6. GKJW Sidomulyo
7. GKJW Sidorejo (Umbulsari, Kabupaten Jember)
   1. Pepanthan Sumberagung
8. GKJW Sidoreno
   1. Pepanthan Kencong
   2. Pepanthan Mojomulyo
9. GKJW Situbondo
10. GKJW Sumberpakem
    1. Pepanthan Paleran
11. GKJW Tunjungrejo
12. GKJW Gumuk Kembar

Rayon Singosarian terdiri dari Majelis Daerah atau Klasis Malang 1, Malang 2, Malang 3, dan Malang 4.

1. GKJW Malang
2. GKJW Kedungkandang
3. GKJW Gadang
4. GKJW Bululawang
5. GKJW Suwaru
   1. Pepanthan Sumbersari
   2. Pepanthan Clumprit
6. GKJW Wonorejo (Bantur, Kabupaten Malang)
7. GKJW Kebonagung
   1. Pepanthan Wagir
8. GKJW Kepanjen
   1. Pepanthan Ngajum
9. GKJW Peniwen
   1. Pepanthan Tapak Tunggorono
10. GKJW Bangelan
11. GKJW Sumber Pucung
12. GKJW Sukun
    1. Pepanthan Karangrejo
13. GKJW Donomulyo
    1. Pepanthan Tlogosari
14. GKJW Ringinpitu
    1. Pepanthan Kromengan
15. GKJW Mulyorejo
16. GKJW Boro
    1. Pepanthan Tunggorono
    2. Pepanthan Sidorejo (Kabupaten Blitar)
    3. Pepanthan Gunungsari
    4. Pepanthan Mintoragan

1. GKJW Wonoagung
   1. Pepanthan Wonokoyo
   2. Pepanthan Gadungsari
   3. Pepanthan Sanggrahan
   4. Pepanthan Blubuk
2. GKJW Dampit
   1. Pepanthan Kalibakar
   2. Pepanthan Sumbergesing
   3. Pepanthan Srimulyo
   4. Pepanthan Amadanom
   5. Pepanthan Ubalan
3. GKJW Sitiarjo
   1. Pepanthan Sumbermanjing
   2. Pepanthan Pancursari
4. GKJW Gunungtumo
5. GKJW Tumpak Nangklik (Sumbermanjing Wetan, Kabupaten Malang)
6. GKJW Rowotrate
7. GKJW Sumbermbag
8. GKJW Tambakrejo
9. GKJW Sendang Biru
10. GKJW Tambakasri
11. GKJW Sidoasri
12. GKJW Sobrah
13. GKJW Gunung Ireng
14. GKJW Turen
    1. Pepanthan Pojok
    2. Pepanthan Majang Tengah
    3. Pepanthan Gedog Wetan
    4. Pepanthan Gadungsari
    5. Pepanthan Sidorenggo

1. GKJW Ngantang
   1. Pepanthan Bocok
   2. Pepanthan Pujon
   3. Pepanthan Banjarejo
   4. Pepanthan Jombok
   5. Pepanthan Kasembon
   6. Pepanthan Tangkil
   7. Pepanthan Cowek
2. GKJW Batu
3. GKJW Tulungrejo (Bumiaji, Kota Batu)
   1. Pepanthan Santrean
4. GKJW Sengkaling
   1. Pepanthan Selorejo
5. GKJW Tulangbawang
6. GKJW Dinoyo
7. GKJW Tunjungsekar
8. GKJW Pulungdowo
9. GKJW Lawang
10. GKJW Singosari
11. GKJW Pandaan
12. GKJW Gempol
13. GKJW Pasuruan
    1. Pepanthan Bangil
    2. Pepanthan Grati-Kedawung
    3. Pepanthan Tejowangi
14. GKJW Probolinggo
15. GKJW Kraksaan
16. GKJW Kucur

1. GKJW Pronojiwo
   1. Pepanthan Oro-Oro Ombo
   2. Pepanthan Tamanayu
   3. Pepanthan Rowobaung
2. GKJW Ampelgading
3. GKJW Sukoanyar
   1. Pepanthan Lebakharjo
4. GKJW Tempurejo
   1. Pepanthan Purorejo
   2. Pepanthan Tegalrejo
   3. Pepanthan Tempurejo Wetan
5. GKJW Tempursari
6. GKJW Pundungsari
7. GKJW Argosari
8. GKJW Purwodadi (Tirtoyudo, Kabupaten Malang)
9. GKJW Balearjo
10. GKJW Pujiharjo
11. GKJW Spellot
12. GKJW Purwosari (Dampit, Kabupaten Malang)

Rayon Mojopahitan terdiri dari Majelis Daerah atau Klasis Surabaya Timur 1, Surabaya Timur 2, Mojokerto-Surabaya Barat, dan Jombang-Surabaya Barat.

1. GKJW Bangkalan
2. GKJW Surabaya
3. GKJW Sidotopo
4. GKJW Mulyosari
5. GKJW Ngagel
6. GKJW Rungkut
   1. Pepanthan Gunung Anyar
7. GKJW Sukolilo
8. GKJW Tropodo
9. GKJW Waru
10. GKJW Sidoarjo
11. GKJW Mlaten

1. GKJW Darmo
2. GKJW Simomulyo
   1. Pepanthan Tanjungsari
3. GKJW Manukan
4. GKJW Wiyung
5. GKJW Babatan
6. GKJW Jambangan
7. GKJW Menganti
8. GKJW Karangpilang
9. GKJW Tanjung Perak
10. GKJW Gresik
    1. Pepanthan Balongtunjung
    2. Pepanthan Cerme
11. GKJW Lamongan
    1. Pepanthan Ngimbang
12. GKJW Trosobo
13. GKJW Driyorejo
14. GKJW Mojosarirejo
15. GKJW Luwung

1. GKJW Mojokerto
2. GKJW Wates
3. GKJW Tumpak (Gedeg, Kabupaten Mojokerto)
4. GKJW Segaran (Dlanggu, Kabupaten Mojokerto)
   1. Pepanthan Gondang
   2. Pepanthan Warugunung
   3. Pepanthan Kalikatir
5. GKJW Mojosari
6. GKJW Klanting
7. GKJW Sukorame
   1. Pepantahan Mlirip
8. GKJW Dawarblandong
   1. Pepanthan Banyulegi
   2. Pepanthan Randegan
   3. Pepanthan Manyarsari
9. GKJW Sidorejo (Jetis, Kabupaten Mojokerto)
10. GKJW Glagahan
11. GKJW Randurejo

1. GKJW Sumbergondang
   1. Pepanthan Lawanganagung
2. GKJW Cangkring
3. GKJW Jombang
   1. Pepanthan Ploso
   2. Pepanthan Karangmojo
4. GKJW Bongsorejo
5. GKJW Mojoagung
6. GKJW Mojowarno
   1. Pepanthan Mojowarno 1
   2. Pepanthan Mojowarno 2
   3. Pepanthan Mojotengah
7. GKJW Kertorejo
   1. Pepanthan Gudo
8. GKJW Ngoro
9. GKJW Mundusewu
10. GKJW Wungurejo
    1. Pepanthan Mindi
11. GKJW Wonosalam
    1. Pepanthan Sumbergogor
    2. Pepanthan Balekambang
12. GKJW Mutersari
    1. Pepanthan Sukoharjo

Rayon Mataraman terdiri dari Majelis Daerah atau Klasis Kediri Utara 1, Kediri Utara 2, Kediri Selatan, dan Madiun.

1. GKJW Banjarejo
   1. Pepanthan Badek
   2. Pepanthan Sepawon
   3. Pepanthan Trisulo
2. GKJW Kediri
   1. Cajem Paron
   2. Pepanthan Pesantren
   3. Pepanthan Gampeng
   4. Pepanthan Nglangu
3. GKJW Semampir
4. GKJW Besowo
   1. Pepanthan Kebonrejo
   2. Pepanthan Mulyorejo
   3. Pepanthan Notorejo
   4. Pepanthan Kampungbaru
   5. Pepanthan Kepung
5. GKJW Purwodadi Kras
   1. Pepanthan Kandat Desa
   2. Pepanthan Karangrejo (Kandat, Kabupaten Kediri)
6. GKJW Bulusari
7. GKJW Purwoharjo
   1. Pepanthan Sumber Bahagia
   2. Pepanthan Dorok
   3. Pepanthan Tanggung Mulyo
8. GKJW Gedangan
   1. Pepanthan Medowo
   2. Pepanthan Kandangan
   3. Pepanthan Slumbung
9. GKJW Sidorejo (Pare, Kabupaten Kediri)
10. GKJW Kawarasan
    1. Pepanthan Panjer
11. GKJW Wonoasri
12. GKJW Ngronggo

1. GKJW Aditoya
2. GKJW Bendo
3. GKJW Bojonegoro
   1. Pepanthan Dander
   2. Pepanthan Prambon
4. GKJW Jatiwringin
   1. Pepanthan Pagu
   2. Pepanthan Padangan
   3. Pepanthan Peh Wetan
   4. Pepanthan Sekaran
   5. Pepanthan Sumberejo
5. GKJW Kertosono
6. GKJW Nganjuk
   1. Pepanthan Warujayeng
7. GKJW Padangan
8. GKJW Pare
   1. Pepanthan Gadungan
   2. Pepanthan Ringin Bagus
9. GKJW Purwoasri
10. GKJW Sambirejo
    1. Pepanthan Wonosari
    2. Pepanthan Sumberjo
11. GKJW Sekaran
12. GKJW Tunglur

1. GKJW Segaran (Wates, Kabupaten Kediri)
   1. Pepanthan Sumber Petung
   2. Pepanthan Sanding
2. GKJW Ngunut
3. GKJW Blitar
   1. Pepanthan Gambar
4. GKJW Bangoan
   1. Pepanthan Ngatru
5. GKJW Bedali
6. GKJW Sugihwaras
7. GKJW Tumpuk
8. GKJW Tulungagung
   1. Pepanthan Tiudan
   2. Pepanthan Gandong
9. GKJW Sindurejo
   1. Pepanthan Kutukan
   2. Pepanthan Sumberasri
   3. Pepanthan Margourip
   4. Pepanthan Bumirejo
10. GKJW Trenggalek
    1. Pepanthan Kendalrejo
    2. Pepanthan Kampak
    3. Pepanthan Wonocoyo
11. GKJW Petungombo
12. GKJW Tawang
13. GKJW Maron
14. GKJW Wlingi
    1. Pepanthan Kotes
    2. Pepanthan Bajang
    3. Pepanthan Kesamben
    4. Pepanthan Bantaran
    5. Pepanthan Tulungrejo (Tulungrejo, Kabupaten Blitar)
15. GKJW Kalangbret

1. GKJW Caruban
   1. Pepanthan Durenan
2. GKJW Madiun Lor
3. GKJW Madiun
   1. Pepanthan Golang
   2. Pepanthan Jiwan
   3. Pepanthan Kresek
   4. Pepanthan Kepel (Lereng Wilis)
   5. Pepanthan Jajar
4. GKJW Magetan
   1. Pepanthan Pelem
5. GKJW Trenceng
6. GKJW Ponorogo
   1. Pepanthan Karanglo Kidul
7. GKJW Donorojo
8. GKJW Pacitan
9. GKJW Ketanggung
   1. Pepanthan Winong
   2. Pepanthan Tegari
   3. Pepanthan Tulakan
   4. Pepanthan Garit
   5. Pepanthan Manisharjo
10. GKJW Bayem Mojorejo
    1. Pepanthan Kebun Tretes
11. GKJW Wotgalih
12. GKJW Ngawi
    1. Pepanthan Kaweng
    2. Pepanthan Geduro
13. GKJW Dupak