Selepas Sekolah Teknik Menengah (STM) jurusan kimia teknik, Sutopo berkesempatan masuk Akademi Militer di Tokyo, Jepang. Bergabung dengan BKR (cikal bakal TNI) pada masa Revolusi Kemerdekaan, anak kedua dari tiga bersaudara pasangan, Prodjohandoko dan RA Rosmi ini bertugas di bagian R (rahasia). Sutopo tercatat sebagai salah seorang pendiri Badan Rahasia Negara yang dipimpin Kolonel Zulkifli Lubis. Pada tahun 1955, Sutopo masuk Seskoad bersama sejumlah perwira yang kelak berperan dalam masa Orde Baru, seperti Daryatmo, Makmun Murod, Widodo, Poniman dan Rais Abin. Kembali dari tugas belajar pada Sekolah Staf dan Komando Tentara AS di Fort Leavenworth, Kansas, Amerika Serikat, Sutopo mengajar mata kuliah Serangan Khusus dan Kerja Sama AD dan AU di Seskoad.
Pada tahun 1963 sampai 1965, Sutopo mengemban jabatan teritorial sebagai Kepala Staf Kodam X Lambung Mangkurat, lalu Kodam Jakarta Raya (Jaya). Setelah tahun 1967, Sutopo menjadi Asisten Interlijen dan Keamanan dari Panglima Angkatan Darat sampai tahun 1970 dengan merangkap jabaran Asisten Intelijen Komando Pemulihan, Keamanan dan Ketertiban (Kopkamtib). Hal tersebut membuat posisi Sutopo menjadi penting.[2]
Sutopo menggantikan kepala Badan Koordinasi Intelijen Negara (Bakin) yang lama Yoga Sugama yang dicopot.[2] Ketika menjadi Kabakin, Sutopo mencatat sejumlah sukses, di antaranya membongkar penyamaran chief intelijen militer Soviet yang masuk ke Indonesia. Kariernya di Bakin berakhir bersamaan dengan meletusnya peristiwa Malari.
Kepala Staf Kodam V Jaya dalam masa penumpasan G-30-S/PKI ini juga pernah menjadi Duta Besar Republik Indonesia di Belanda periode 1974-1978. Pada masa itulah lahir Kesepakatan Wassenaar antara Indonesia dan Belanda mengenai penyelesaian orang Maluku yang menetap di sana, baik yang terlibat gerakan separatis Republik Maluku Selatan di Maluku Selatan maupun yang tidak.
Hubungannya dengan Prabowo
Sutopo memberikan sponsor kepada Prabowo Subianto agar Prabowo dapat belajar Akabri di Magelang. Oleh karena itu, bagi Prabowo Subianto, Sutopo memiliki jasanya tersendiri.
^Balai Pustaka, Indonesia (1978). Bunga rampai Soempah Pemoeda. Indonesia: Yayasan Gedung-Gedung Bersejarah Jakarta. hlm. 163.Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)