Organisasi ini memulai sejarahnya pada tahun 2006 dengan nama Balai Telekomunikasi dan Informatika Pedesaan (BTIP). Pada bulan November 2010, nama BTIP diubah menajadi Balai Penyedia dan Pengelola Pembiayaan Telekomunikasi dan Informatika (BP3TI).[2] Pada tahun 2017, struktur dari organisasi ini diubah dari yang awalnya berorientasi pada proses menjadi berorientasi pada hasil. Pada tahun 2018, nama BP3TI diubah menjadi seperti sekarang.[3]