Thorarchaeota

Thorarchaeota
Научная классификация
Домен:
Археи
Тип:
Thorarchaeota
Международное научное название
Thorarchaeota Seitz et al. 2016

Thorarchaeota (лат.) — предполагаемый тип архей, выделение которого было предложено в 2016 году на основании метагеномного анализа донных осадков из эстуарной зоны реки White Oak River[англ.] в Северной Каролине (США). Представители группы способны выделять ацетат при деградации белков и, по-видимому, восстанавливать элементарную серу и тиосульфат. Филогенетический анализ указывает на древность и широкое распространение архей типа. Название группы отражает близость её к другой древней группе архей — Lokiarchaeota[1].

Открытие

Река White Oak River в Северной Каролине, в которой были обнаружены метагеномные образцы архей группы Thorarchaeota, служит модельной системой для изучения микробных сообществ, осуществляющих анаэробный круговорот углерода, в особенности метаногенез и окисление метана. Метагеномная реконструкция геномов из образцов донных отложений этой реки привела к сборке почти полных геномов (длиной 2,4—3,9 мегабаз) архей ранее неизвестной группы, которая получила название Thorarchaeota[1].

Метаболизм

Генный состав геномов Thorarchaeota указывает на то, что представители группы, по-видимому, способны к деградации белков. У них были идентифицированы гены, кодирующие ферменты деградации белков клострипаин[англ.] (cloSI) и гинджипаин[англ.] (rgpA), а также несколько других внеклеточных пептидаз. Во всех геномах были обнаружены гены переносчиков ди- и олигопептидов, а у некоторых ещё и переносчики разветвлённых аминокислот. Похоже, что способность к переносу белков извне внутрь клетки присуща всем археям группы. Кроме того, у всех Thorarchaeota выявлены гены, необходимые для деградации перенесённых внутрь белков до кетокислот. Предполагается, что именно белки служат источником углерода для архей Thorarchaeota[1].

У группы архей обнаружены гена ряда предполагаемых оксидоредуктаз, таких как пируват ферредоксин оксидоредуктаза[англ.], индолпируват ферредоксин оксидоредуктаза[англ.] и альдегидоксидоредуктаза. Эти ферменты превращают кетокислоты в ацетил-СоА и органические кислоты, такие как ацетат. Для их работы необходим окисленный ферредоксин как акцептор электронов, пул которого может поддерживать никелево-железными гидрогеназами[англ.], гены которых были обнаружены у ряда Thorarchaeota[1].

В геномах этих архей было обнаружено небольшое количество ферментов метаболизма углеводов, однако функции удалось определить лишь для некоторых из них (целлюлазы и альфа-маннозидазы[англ.]). Таким образом, похоже, углеводы служат для них только вспомогательным источником углерода. В собранных геномах обнаружены гены всех белков, необходимых для гликолиза, кроме гексокиназы. По-видимому, Thorarchaeota способны целиком или полностью превращать глюкозо-6-фосфат в фосфоенолпируват. Пируваткиназа отсутствует у всех представителей данной группы, вместо неё пируват образует фосфоенолпируватсинтаза[англ.]. Все археи типа способны превращать пируват в ацетил-СоА, используя субъединицы Е1 и Е2 пируватдегидрогеназы и все субъединицы пируват: ферредоксин оксидоредуктазы. Почти все ферменты цикла Кребса у них отсутствуют, однако у всех был выявлен почти полный сукцинатдегидрогеназный комплекс. Можно предположить, что окисление ацетил-СоА посредством цикла Кребса не является ключевым путём получения энергии у Thorarchaeota[1].

У всех Thorarchaeota был выявлен ген ADP-образующей субъединицы ацетил-СоА синтетазы[англ.], которая участвует в образовании ацетата у Pyrococcus furiosus[англ.] и других архей. Таким образом, археи данного типа могут образовывать ацетат, однако генов спиртового брожения у них не выявлено. Они предположительно образуют ацетат при гидролитической деградации ацетил-СоА. Ацетат служит ключевым субстратом для восстановления сульфата и метаногенеза в эстуарных донных отложениях и является важным связующим звеном между окислительным метаболизмом и брожением[1].

У некоторых представителей были обнаружены почти все гены пути Вуда — Льюнгдаля, который обеспечивает автотрофную фиксацию двух молекул внутриклеточного СО2 сначала до ацетил-СоА и потом до ацетата. Таким образом, часть Thorarchaeota могут быть способны к фиксации СО2 и обеспечивать себя при помощи автотрофного ацетогенеза[1].

У всех Thorarchaeota выявлены гомологи фермента сульфогидрогеназы P. furiosus, поэтому археи этой группы, скорее всего, способны восстанавливать серу. У некоторых из них были обнаружены переносчики сульфата и тиосульфата, сульфогидрогеназа и тиосульфатредуктаза[1].

Филогенетические связи

Анализ гена 16S рРНК показал, что Thorarchaeota довольно широко распространены в природе: они встречаются в мангровых зарослях, озёрах и гидротермальных морских донных отложениях. Он же показал, что представители Thorarchaeota отличаются от архей остальных типов. Они имеют общего предка с недавно выделенной группой архей Lokiarchaeota и находятся вблизи основания филогенетического древа архей[1].

Примечания

  1. ↑ 1 2 3 4 5 6 7 8 9 Seitz K. W., Lazar C. S., Hinrichs K. U., Teske A. P., Baker B. J. Genomic reconstruction of a novel, deeply branched sediment archaeal phylum with pathways for acetogenesis and sulfur reduction. (англ.) // The ISME journal. — 2016. — Vol. 10, no. 7. — P. 1696—1705. — doi:10.1038/ismej.2015.233. — PMID 26824177.

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.