SBGN

Логотип стандарта Systems Biology Graphical Notation

SBGN (англ. Systems Biology Graphical Notation) — это язык графического представления элементов биологических систем и взаимодействий между ними, разработанная группой биохимиков, молекулярных биологов и биоинформатиков[1].

История

Первые работы по созданию непротиворечивой и исчерпывающей системы, описывающей взаимодействия элементов биологических систем, провел Курт Кон (Kurt Kohn) в Национальном Институте Рака (NCI)[2]. Консорциум специалистов для разработки стандарта SBGN был создан Хироаки Китано (Hiroaki Kitano), директором Токийского Института Системной Биологии, в 2005 году.

Спецификация SBGN Process Description, переименованного впоследствии в Process Diagrams, была выпущена 23 Августа 2008 года[3]. Изменения и исправления к спецификации опубликованы 1 сентября 2009 года[4]. Спецификация SBGN Entity relationship была опубликована первого сентября 2009 года[5] одновременно с первой спецификацией SBGN Activity Flow[6].

Виды диаграмм

Спецификация языка SBGN описывает три типа диаграмм:

  • Диаграмма процессов (Process Descriptions, PD)
  • Диаграмма взаимодействий (Entity Relationships, ER)
  • Диаграмма потоков деятельности (Activity Flows, AF)

Используя эти три диаграммы биологи могут недвусмысленно представлять графически знания о структуре взаимодействий в биологической системе. При разработке стандартов большое внимание было уделено созданию ограниченного набора графических элементов (алфавита) со строго определённой семантикой. Ограниченность графического алфавита и простая грамматика делают SBGN простым и удобным, пригодным не только для научных публикаций, но и для использования в книгах и учебных пособиях.

Диаграмма процессов представляет биологическую систему как сеть взаимосвязанных и организованных во времени процессов[3][4].

Диаграмма взаимодействий представляет биологическую систему в виде набора парных взаимодействий без учёта их организации во времени. Основной причиной создания этой диаграммы была необходимость преодоления эффекта, так называемого, комбинаторного взрыва. Системы описываемые SBGN-ER представляются как наборы правил, описывающих влияние элементов системы на взаимодействия внутри системы[5].

Диаграмма потоков деятельности, в отличие от двух предыдущих, описывает систему не как совокупность физических агентов, молекулярных пулов (SBGN-PD) или отдельных агентов (SBGN-ER), а как поток информации между различными биохимическим активностями. Активность может быть реализована разными биологическими агентами (например разными ферментами имеющими общий EC номер), а также один агент может принимать участие в реализации нескольких биологических активностей (функций)[6].

Программные продукты, поддерживающие стандарты SBGN (главным образом SBGN-PD) уже доступны[7].

См. также

Ссылки

Примечания

  1. ↑ Le Novère N., Hucka M., Mi H., Moodie S., Schreiber F., Sorokin A et al. The Systems Biology Graphical Notation. (англ.) // Nature Biotechnology : journal. — Nature Publishing Group, 2009. — Vol. 27, no. 8. — P. 735—741. — doi:10.1038/nbt.1558. — PMID 19668183.
  2. ↑ Kohn KW, Aladjem MI, Weinstein JN, Pommier Y. Molecular interaction maps of bioregulatory networks: a general rubric for systems biology. Mol Biol Cell (2006) doi:10.1091/mbc.E05-09-0824
  3. ↑ 1 2 Le Novère N, Moodie S, Sorokin A, Hucka M, Schreiber F, Demir E, Mi H, Matsuoka Y, Wegner K, Kitano H. Systems Biology Graphical Notation: Process Diagram Level 1. Nature Precedings (2008) doi:10101/npre.2008.2320.1 Архивная копия от 5 мая 2014 на Wayback Machine
  4. ↑ 1 2 Moodie S, Le Novère N, Sorokin A, Mi H, Schreiber F. Systems Biology Graphical Notation: Process Description language Level 1. Nature Precedings (2009) doi:10.1038/npre.2009.3721.1 Архивная копия от 17 июля 2010 на Wayback Machine
  5. ↑ 1 2 Le Novère N, Moodie S, Sorokin A, Schreiber F, Mi H. Systems Biology Graphical Notation: Entity Relationship language Level 1. Nature Precedings (2009) doi:10.1038/npre.2009.3719.1 Архивная копия от 16 июля 2010 на Wayback Machine
  6. ↑ 1 2 Mi H, Schreiber F, Le Novère N, Moodie S, Sorokin A. Systems Biology Graphical Notation: Activity Flow language Level 1. Nature Precedings (2009) doi:10.1038/npre.2009.3724.1 Архивная копия от 16 июля 2010 на Wayback Machine
  7. ↑ Community#SBGN_Software. sbgn.org. Дата обращения: 4 августа 2010. Архивировано 4 мая 2012 года.

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.