Bioconductor
| Bioconductor | |||
|---|---|---|---|
 | |||
 График роста количества пакетов Biocondactor’а | |||
| Тип | Биоинформатика | ||
| Написана на | R | ||
| Операционные системы | Linux, Mac OS X, Windows | ||
| Языки интерфейса | R | ||
| Последняя версия | 3.6 | ||
| |||
| Лицензия | Artistic License 2.0 | ||
| Сайт | bioconductor.org | ||
Bioconductor — масштабный FLOSS-проект, предоставляющий множество отдельных пакетов для биоинформатических исследований. Включает набор инструментов для анализа и понимания геномных данных, аннотированные имена чипов, аннотации биологических последовательностей и т. д., а также сами экспериментальные данные.
Использует язык программирования R, благодаря чему поддерживает кросплатформенность (Linux, большинство UNIX-подобных систем, Mac OS X, Windows). Разрабатывается и распространяется свободно и открыто. Выпуск релизов происходит дважды в год. Обладает активным свободным сообществом разработчиков и учёных, что свойственно хорошим открытым проектам. Описания проекта и изменений в нём выпускаются в виде ежегодного отчёта[1].
На данный момент содержит более 2000 пакетов.
Цели проекта
Основными целями Bioconductor’а являются:
- Обеспечение открытого доступа к широкому кругу мощных статистических и графических методов анализа геномных данных.
- Облегчение включения биологических метаданных в анализ геномных данных, например, литературных данных с PubMed, аннотированных данных с Entrez.
- Обеспечение общей программной платформы, которая позволяет быстро разрабатывать и развёртывать расширяемые, масштабируемые и совместимые программы.
- Дальнейшее научное понимание при создании высококачественной документации для воспроизводимых исследований.
- Обучение исследователей вычислительным и статистическим методам анализа геномных данных.
История проекта
Начало проекта было положено в 2001-м году в Dana Farber Cancer Institute.[2]
Этот раздел нужно дополнить.
Значение проекта
Это пустой раздел, который ещё не написан.
Пакеты
Три основных группы пакетов — это собственно статистические и графические пакеты (Software), аннотационные пакеты (AnnotationData) и экспериментальные данные (ExperimentData).
В скобках указано количество пакетов в группе.
Software (936)
AssayDomain (299)
- aCGH (12)
- CellBasedAssays (38)
- ChIPchip (7)
- CopyNumberVariation (43)
- CpGIsland (6)
- DNAMethylation (38)
- ExonArray (6)
- GeneExpression (131)
- GeneticVariability (23)
- SNP (40)
- Transcription (47)
BiologicalQuestion (261)
- AlternativeSplicing (7)
- Coverage (13)
- DifferentialExpression (164)
- DifferentialMethylation (8)
- DifferentialPeakCalling (1)
- DifferentialSplicing (6)
- FunctionalPrediction (1)
- GeneRegulation (21)
- GeneSetEnrichment (41)
- GeneTarget (1)
- GenomeAnnotation (10)
- GenomicVariation (6)
- LinkageDisequilibrium (1)
- MotifAnnotation (3)
- MotifDiscovery (4)
- NetworkEnrichment (13)
- NetworkInference (17)
- SequenceMatching (17)
- SomaticMutation (4)
- VariantDetection (1)
Infrastructure (186)
- DataImport (82)
- DataRepresentation (34)
- GUI (19)
- ThirdPartyClient (9)
ResearchField (193)
- BiomedicalInformatics (2)
- CellBiology (20)
- Cheminformatics (3)
- FunctionalGenomics (1)
- Genetics (96)
- Metabolomics (12)
- Metagenomics (5)
- Proteomics (65)
- SystemsBiology (10)
StatisticalMethod (261)
- Bayesian (15)
- Classification (65)
- Clustering (89)
- DecisionTree (7)
- DimensionReduction (2)
- FeatureExtraction (2)
- GraphAndNetwork (69)
- HiddenMarkovModel (4)
- NeuralNetwork (1)
- PrincipalComponent (2)
- Regression (7)
- StructuralEquationModels (1)
- SupportVectorMachine (1)
- Survival (4)
- TimeCourse (29)
Technology (591)
- FlowCytometry (36)
MassSpectrometry (44)
Microarray (328)
- ChipOnChip (1)
- MethylationArray (7)
- mRNAMicroarray (3)
- MultiChannel (3)
- OneChannel (68)
- ProprietaryPlatforms (2)
- TwoChannel (53)
- MicrotitrePlateAssay (13)
- qPCR (9)
- SAGE (9)
Sequencing (212)
- ChIPSeq (40)
- DNASeq (6)
- ExomeSeq (3)
- MethylSeq (10)
- Microbiome (3)
- miRNA (4)
- RIPSeq (1)
- RNASeq (76)
- TargetedResequencing (2)
- WholeGenome (3)
WorkflowStep (477)
- Alignment (8)
- Annotation (67)
- BatchEffect (5)
- ExperimentalDesign (2)
- MultipleComparison (76)
- Normalization (15)
Pathways (69)
- GO (33)
- Preprocessing (128)
- QualityControl (95)
- ReportWriting (25)
Visualization (218)
- Network (44)
AnnotationData (895)
ChipManufacturer (374)
- AffymetrixChip (336)
- AgilentChip (15)
- IlluminaChip (19)
- INDACChip (1)
- QiagenChip (1)
- RNG_MRCChip (2)
ChipName (195)
- adme16cod (1)
- ag (3)
- ath1121501 (3)
- celegans (3)
- drosgenome1 (3)
- drosophila2 (3)
- h10kcod (1)
- h20kcod (1)
- hcg110 (3)
- hgfocus (3)
- hgu133a (4)
- hgu133a2 (4)
- hgu133b (3)
- hgu133plus2 (4)
- hgu95a (3)
- hgu95av2 (4)
- hgu95b (3)
- hgu95c (3)
- hgu95d (3)
- hgu95e (3)
- hguatlas13k (1)
- hgug4100a (1)
- hgug4101a (1)
- hgug4110b (1)
- hgug4111a (1)
- hgug4112a (1)
- hguqiagenv3 (1)
- hi16cod (1)
- hs25kresogen (1)
- hu35ksuba (3)
- hu35ksubb (3)
- hu35ksubc (3)
- hu35ksubd (3)
- hu6800 (3)
- HuO22 (1)
- hwgcod (1)
- illuminaHumanv1 (1)
- illuminaHumanv2 (1)
- illuminaMousev1 (1)
- illuminaMousev1p1 (1)
- illuminaRatv1 (1)
- indac (1)
- m10kcod (1)
- m20kcod (1)
- mgu74a (3)
- mgu74av2 (3)
- mgu74b (3)
- mgu74bv2 (3)
- mgu74c (3)
- mgu74cv2 (3)
- mguatlas5k (1)
- mgug4121a (1)
- mgug4122a (1)
- mi16cod (1)
- mm24kresogen (1)
- moe430a (3)
- moe430b (3)
- mouse4302 (4)
- mouse430a2 (4)
- mpedbarray (1)
- mu11ksuba (3)
- mu11ksubb (3)
- Mu15v1 (1)
- mu19ksuba (2)
- mu19ksubb (2)
- mu19ksubc (2)
- Mu22v3 (1)
- mwgcod (1)
- Norway981 (1)
- OperonHumanV3 (1)
- PartheenMetaData (1)
- pedbarrayv10 (1)
- pedbarrayv9 (1)
- r10kcod (1)
- rae230a (3)
- rae230b (3)
- rat2302 (3)
- rgu34a (3)
- rgu34b (3)
- rgu34c (3)
- rgug4130a (1)
- ri16cod (1)
- rnu34 (3)
- Roberts2005Annotation (1)
- rtu34 (3)
- rwgcod (1)
- SHDZ (1)
- u133x3p (3)
- xenopuslaevis (2)
- yeast2 (3)
- ygs98 (4)
- zebrafish (3)
- CustomArray (2)
CustomCDF (16)
- GACustomCDF (16)
CustomDBSchema (11)
- GeneCardsCustomSchema (8)
- FunctionalAnnotation (13)
Organism (532)
- Anopheles_gambiae (4)
- Apis_mellifera (3)
- Arabidopsis_thaliana (12)
- Bacillus_subtilis (2)
- Bos_taurus (11)
- Caenorhabditis_elegans (10)
- Canis_familiaris (12)
- Danio_rerio (12)
- Drosophila_melanogaster (15)
- Escherichia_coli (12)
- Gallus_gallus (9)
- Gasterosteus_aculeatus (2)
- Homo_sapiens (201)
- Hordeum_vulgare (2)
- Macaca_mulatta (7)
- Mus_musculus (103)
- Oryza_sativa (1)
- Pan_troglodytes (6)
- Plasmodium_falciparum (4)
- Pseudomonas_aeruginosa (2)
- Rattus_norvegicus (65)
- Saccharomyces_cerevisiae (18)
- Saccharum_officinarum (2)
- Staphylococcus_aureus (2)
- Sus_scrofa (7)
- Taeniopygia_guttata (2)
- Vitis_vinifera (2)
- Xenopus_laevis (3)
- Xenopus_tropicalis (1)
- Zea_mays (2)
PackageType (524)
- BSgenome (69)
- cdf (126)
- ChipDb (155)
- db0 (19)
- InparanoidDb (8)
- MeSHDb (3)
- OrganismDb (3)
- OrgDb (19)
- probe (104)
- SNPlocs (1)
- TxDb (17)
SequenceAnnotation (3)
- miRNA (3)
ExperimentData (223)
Cancer (35)
- Breast (2)
- Colon (2)
- Kidney (1)
- Leukemia (6)
- Lung (1)
- Ovarian (1)
- ChIPchipData (1)
- ChIPseqData (4)
- EColiData (1)
- ExpressionData (4)
- HapMap (7)
- HighThroughputSequencingData (9)
- HIV (1)
- MassSpectrometryData (7)
- NormalTissue (3)
- RNAExpressionData (16)
- RNAseqData (19)
- StemCells (1)
- Yeast (10)
Релизы
Релизы выходят два раза в год — весной и осенью. Каждый новый релиз в качестве зависимости требует последнюю версию дистрибутива R.
| Версия | Дата релиза | Количество пакетов (в разделе «Software») |
Зависимость |
|---|---|---|---|
| 1.0 | 1 мая 2001 | 15 | R 1.5 |
| 1.1 | 19 ноя 2002 | 20 | R 1.6 |
| 1.2 | 29 мая 2003 | 30 | R 1.7 |
| 1.3 | 30 окт 2003 | 49 | R 1.8 |
| 1.4 | 17 мая 2004 | 81 | R 1.9 |
| 1.5 | 25 окт 2004 | 100 | R 2.0 |
| 1.6 | 18 мая 2005 | 123 | R 2.1 |
| 1.7 | 14 окт 2005 | 141 | R 2.2 |
| 1.8 | 27 апр 2006 | 172 | R 2.3 |
| 1.9 | 4 окт 2006 | 188 | R 2.4 |
| 2.0 | 26 апр 2007 | 214 | R 2.5 |
| 2.1 | 8 окт 2007 | 233 | R 2.6 |
| 2.2 | 1 мая 2008 | 260 | R 2.7 |
| 2.3 | 22 окт 2008 | 294 | R 2.8 |
| 2.4 | 21 апр 2009 | 320 | R 2.9 |
| 2.5 | 28 окт 2009 | 352 | R 2.10 |
| 2.6 | 23 апр 2010 | 389 | R 2.11 |
| 2.7 | 18 окт 2010 | 418 | R 2.12 |
| 2.8 | 14 апр 2011 | 466 | R 2.13 |
| 2.9 | 1 ноя 2011 | 517 | R 2.14 |
| 2.10 | 2 ноя 2012 | 554 | R 2.15 |
| 2.11 | 3 окт 2012 | 610 | R 2.15 |
| 2.12 | 4 апр 2013 | 671 | R 3.0 |
| 2.13 | 15 окт 2013 | 749 | R 3.0 |
| 2.14 | 14 апр 2014 | 824 | R 3.1 |
| 3.0 | 14 окт 2014 | 934 | R 3.1 |
Примеры использования
Это пустой раздел, который ещё не написан.
См. также
- R
- Биоинформатика
- Вычислительная биология
- Вычислительные методы
- Свободное и открытое программное обеспечение
- ДНК-микрочип
- Список открытого ПО по биоинформатике
- Список ПО для выравнивания последовательностей
- Affymetrix — американская компания, производящая ДНК-микрочипы
Примечания
- ↑ Ежегодные отчёты проекта на официальном сайте. Дата обращения: 7 февраля 2015. Архивировано 7 февраля 2015 года.
- ↑ R. Gentleman. 2002 Annual Report for the Bioconductor. Project, DFCI. — May 29, 2008. Архивировано 23 сентября 2015 года.
Ссылки
Официальный сайт — http://www.bioconductor.org/
Content Disclaimer
Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.
- The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
- There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
- It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
- Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
- Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.