Protein (Jawi: ڤروتين) terdiri daripada karbon, hidrogen, oksigen, dan nitrogen. Terdapat sebahagian protein juga mempunyai unsur fosforus dan sulfur. Ikan, susu, daging, kekacang (kacang tanah dan kacang soya) dan putih telur kaya dengan protein. Protein dapat membina tisu badan, enzim dan hormon. Kekurangan protein dalam pemakanan membantutkan tumbesaran tubuh badan.

Protein membentuk sebahagian besar struktur di dalam sel termasuklah sebagai enzim dan pigmen pernafasan. Protein dibentuk dari percantuman unit asas yang dikenali sebagai asid amino.

Protein boleh dibahagikan kepada dua jenis iaitu protein serat yang banyak bergantung kepada struktur sekunder terdiri dari bentuk protein asas boleh disalin berulang kali. Manakala bentuk kedua ialah protein glob (enzim dan antibodi) yang banyak bergantung kepada interaksi struktur tertier. Terdapat 20 jenis asid amino yang digunakan untuk membentuk rantaian polipeptida (protein). Fungsi, bentuk, saiz dan jenis protein akan ditentukan oleh jenis, bilangan dan taburan asid amino yang terdapat di dalam struktur tersebut.

Percantuman beberapa asid amino dinamakan tindak balas pemeluwapan dengan dicirikan berlakunya pembentukan ikatan peptida dan pembentukan molekul air. Percantuman ini akan menghasilkan rantaian peptida yang lebih dikenali sebagai polipeptida dengan mempunyai dua hujung rantaian yang berbeza sifatnya.

Protein berhujung kumpulan amino dikenali sebagai terminal N (amino) dan hujung yang mempunyai kumpulan karboksil dikenali sebagai terminal N. penyambungan rantaian asid amino ini memerlukan tenaga yang tinggi dan ketepatan turutan asid amino dalam rantaian ini pula bergantung kepada koordinasi di antara mRNA dan tRNA.

Protein yang dibentuk dengan hanya menggunakan satu polipeptida dinamakan sebagai protein monomer dan yang dibentuk oleh beberapa polipeptida contohnya hemoglobin pula dikenali sebagai protein multimer.

• Homologi protein jauh pengesanan dan pengiktirafan kali ganda menggunakan dua lapisan Pengelas sokongan mesin vektor