2016년8월 7일국제 패럴림픽 위원회(IPC)는 국가 차원의 도핑 스캔들을 일으킨 러시아 선수단의 2016년 하계 패럴림픽 참가를 금지시켰다.[1] 이에 러시아 패럴림픽 위원회는 스포츠 중재 재판소(CAS)와 스위스 연방 대법원에 패럴림픽 출전 금지 처분을 철회하기 위한 소송을 제기했으나 모두 기각되었다.[2] 러시아 출신의 장애인 선수 6명이 개인 자격으로 대회에 참가할 것이라는 보도가 있었지만[3] 이마저도 IPC에 의해 거부되었다.[4]
페로 제도와 마카오는 국제 올림픽 위원회에는 가입되어 있지 않았으나 국제 패럴림픽 위원회에는 가입되어 있어 패럴림픽에는 참가한다. 이외에도 2016년 하계 올림픽과 마찬가지로 난민들이 개인 자격으로 별도의 선수단을 꾸려 참가했다. IPC는 2016년 8월 26일에 시리아 출신의 남자 수영 선수인 이브라힘 알후세인(50m 자유형, 100m 자유형), 이란 출신의 남자 육상 선수인 샤라드 나사지푸르(원반던지기) 2명이 개인 자격으로 참가한다고 밝혔다.
이란의 여자 휠체어 양궁 선수인 자라 네마티는 같은 해에 열린 올림픽과 패럴림픽에서 동시에 참가한 최초의 선수가 되었다.
개막식에 있었던 선수단 입장 행사에서 러시아와의 관계가 가까운 벨라루스 체육부 소속 임원으로 참가한 안드레이 포모치킨이 국가 차원의 도핑 스캔들로 인해 패럴림픽 참가가 금지된 러시아의 국기를 들고 입장하는 사건이 발생했다. 이 사건을 정치적인 퍼포먼스로 판단한 주최 측은 벨라루스 선수단의 임원이 들고 있던 러시아의 국기를 압수했으며 문제의 임원은 국제 패럴림픽 위원회(IPC)로부터 패럴림픽 참가 승인을 취소당하는 징계를 받았다.[5]
참가가 금지된 러시아는 모스크바 교외의 스포츠 시설에서 자체 국내 대회를 개최하였다.[6]
T13(시각 장애) 1,500m 결승에서 앞서서 열렸던 앞서서 열렸던 리우 올림픽 경기 때보다 더 좋은 기록이 나왔다.[7]
C4-5(사지 절단 장애) 남자 사이클 로드 레이스 경기에 출전한 이란의 사이클 선수인 바흐만 골바르네자드가 산악 구간 내리막길에서 충돌하여 병원으로 옮겨졌으나 사망하는 사고가 발생하였다.[8]