本項では、新選組隊内において粛清された隊士について列挙する。
新選組の内部粛清
近藤・土方体制をつくり上げる過程において
- 殿内義雄、家里次郎 - 主導権をにぎるため粛清。
- 新見錦 - 狼藉を詰められた末に切腹。ただし、脱隊の後預け先の長州で腹を切ったという説もある。
- 田中伊織 - 近藤の意に沿わない動きをしたため、彼の手により暗殺されたと言われる。
- 芹沢鴨、平山五郎 - 度重なる乱暴狼藉、酒乱のため寝込みを襲い暗殺。
- 野口健司 - 何らかの理由でとがめられ切腹（詳細不詳）。
- 平間重助 - 切腹こそ免れたが、立場上居場所がなくなり逐電。
- 佐々木愛次郎、佐伯又三郎 - 詳細不明。佐々木は巻き込まれ。芹沢に暗殺されたとの説がある。
- 荒木田左馬之助、御倉伊勢武、楠小十郎 - 斬殺。長州の間者として斬殺された。暗殺の罪をかぶせられたという説もある。
- 山南敬助 - 脱走の罪で切腹。
- 谷三十郎 - 暗殺説がある（病死説もあり確定していない）。
分隊行為・背反行為の粛清
倫理・道徳の徹底
- 松原忠司 - 土方に斬った男の妻のことを言われ心中、またはある失策がもとで切腹をはかり、その傷で死亡ともいわれている。
- 施山多喜人 - 人妻との不倫を咎められ、切腹。
- 河合耆三郎 - 隊費紛失の罪で切腹（斬首とも）。
- 田内知 - 妾の浮気相手に斬られ、そのまま逃げられた上に、大声で助けを呼んだ。この行動が士道不覚悟とされ切腹。
- 加納惣三郎 - 島原通いで金欠になった末、辻斬り強盗の常習となったため、土方に待ち伏せの上斬殺された。
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