クロロフィルとしては、クロロフィル a のみをもつ[2][3][4][5][6]。古くはクロロフィル d が報告されたことがあるが、現在ではこれは付着していた特異な藍藻 (Acaryochloris 類) に由来するものであると考えられている[21]。主要な補助光合成色素は、フィコビリンタンパク質であり、ふつうアロフィコシアニン、フィコシアニン、フィコエリスリンがフィコビリソームを形成してチラコイド膜上に存在する。紅藻のフィコシアニンやフィコエリスリンには、結合ビリン色素組成が異なる数種類がそれぞれ知られており、またフィコエリスリンを欠く種もいる[13]。多くの紅藻は赤いフィコエリスリンを多くもつため、その名の通り葉緑体は紅色を呈するが、フィコビリンタンパク質の組成や他の色素との量比によって青緑色、オリーブ色、紫色などの色調を呈するものもいる。カロテノイドとしてはゼアキサンチンとβ-カロテンを有し、それに加えてアンテラキサンチンまたはルテインとα-カロテンをもつものもいる[22] (表参照)。
紅色植物のルビスコ (リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ; 光合成において二酸化炭素を固定する酵素) は form ID であり、灰色植物や緑色植物、および多くの藍藻に存在する form IB とはやや異なる[5][23]。form ID ルビスコは、細菌からの遺伝子水平伝播によって紅藻の共通祖先が獲得したものと考えられている。また form ID ルビスコは、紅色植物由来の葉緑体をもつクリプト藻やハプト藻、不等毛藻にも受け継がれている[24]。
紅藻は藍藻に似た光合成色素組成 (クロロフィルは a のみ、フィコビリンが存在) をもち、また鞭毛を欠くことから、古くは藍藻と他の藻類をつなぐ原始的な真核生物であると考えられていた。また、当時は葉緑体の共生起源説が一般的ではなく、藻類が光合成能を失うことで菌類へと進化したとする考えが一般的であった。紅藻と子嚢菌は両者とも鞭毛を欠き、一見類似した有性生殖を行うことから、菌類は紅藻から進化したとする考えもあった[55]。
^ abcdefghijvan den Hoek, C., Mann, D., Jahns, H. M. & Jahns, M. (1995). Algae: an introduction to phycology. Cambridge University Press. ISBN978-0521316873
^神谷充伸 (監) (2012). 海藻 ― 日本で見られる388種の生態写真+おしば標本. 誠文堂新光社. pp. 271. ISBN978-4416812006
^Judson, B. L. & Pueschel, C. M. (2002). “Ultrastructure of trichocyte (hair cell) complexes in Jania adhaerens (Corallinales, Rhodophyta)”. Phycologia41: 68-78.
^Pueschel, C. M. & Cole, K. M. (1982). “Rhodophycean pit plugs: an ultrastructural survey with taxonomic implications”. American Journal of Botany69: 703-720. doi:10.1002/j.1537-2197.1982.tb13310.x.
^ abcdefghijklmnopCole, K. M. & Sheath, R. G. (Eds.) (1990). Biology of the Red Algae. Cambridge University Press. pp. 517. ISBN0-521-34301-1
^岡崎惠視 (2008). “藻類の炭酸カルシウム形成: その機構と大気 CO2 循環への貢献”. 藻類56: 185-205. NAID10025707702.
^ abGoff, L. J. (1982). “The biology of parasitic red algae”. In Round F, Chapman D, (eds.). Progress in Phycological Research Vol. 1. Elsevier Biomedical Press, Amsterdam. pp. 289–369
^Yang, E. C., Scott, J., West, J. A., Orlova, E., Gauthier, D., Küpper, F. C., ... & Karsten, U. (2010). “New taxa of the Porphyridiophyceae (Rhodophyta): Timspurckia oligopyrenoides gen. et sp. nov. and Erythrolobus madagascarensis sp. nov.”. Phycologia49: 604-616. doi:10.2216/09-105.1.
^ abcKamiya, M., Lindstrom, S. C., Nakayama, T., Yokoyama, A., Lin, S. M., Guiry, M. D., ... & Cho, T. O. (2017). Syllabus of plant families ‐ A. Engler's Syllabus der Pflanzenfamilien Part 2/2: Photoautotrophic eukaryotic algae ‐ Rhodophyta. Borntraeger Science Publishers, Berlin. pp. 171. ISBN978-3-443-01094-2
^Murakami, A., Miyashita, H., Iseki, M., Adachi, K. & Mimuro, M. (2004). “Chlorophyll d in an epiphytic cyanobacterium of red algae”. Science303: 1633-1633. doi:10.1126/science.1095459.
^ abTakaichi, S., Yokoyama, A., Mochimaru, M., Uchida, H. & Murakami, A. (2016). “Carotenogenesis diversification in phylogenetic lineages of Rhodophyta”. Journal of Phycology52: 329-338. doi:10.1111/jpy.12411.
^Tabita, F. R., Satagopan, S., Hanson, T. E., Kreel, N. E. & Scott, S. S. (2008). “Distinct form I, II, III, and IV Rubisco proteins from the three kingdoms of life provide clues about Rubisco evolution and structure/function relationships”. Journal of Experimental Botany59: 1515-1524. doi:10.1093/jxb/erm361.
^Valentin, K. & Zetsche, K. (1990). “Rubisco genes indicate a close phylogenetic relation between the plastids of Chromophyta and Rhodophyta”. Plant Molecular Biology15: 575-584. doi:10.1007/BF00017832.
^Shimonaga, T., Konishi, M., Oyama, Y., Fujiwara, S., Satoh, A., Fujita, N., Colleoni, C., Buléon, A., Putaux, J., Ball, S.G., Yokoyama, A., Hara, Y., Nakamura, Y. & Tsuzuki, M. (2008). “Variation in storage α-glucans of the Porphyridiales (Rhodophyta)”. Plant and Cell Physiology49: 103-116. doi:10.1093/pcp/pcm172.
^Eggert, A. & Karsten, U. (2010). “Low molecular weight carbohydrates in red algae - an ecophysiological and biochemical perspective”. Red Algae in the Genomic Age. Springer Netherlands. pp. 443-456. ISBN978-90-481-3794-7.
^Pickett-Heaps, J. D., West, J. A., Wilson, S. M. & McBride, D. L. (2001). “Time-lapse videomicroscopy of cell (spore) movement in red algae”. European Journal of Phycology36: 9-22. doi:10.1017/S0967026201002992.
^Ackland, J. C., West, J. A. & Pickett-Heaps, J. (2006). “Actin and myosin regulate pseudopodia of Porphyra pulchella (Rhodophyta) archeospores”. Journal of Phycology43: 129-138. doi:10.1111/j.1529-8817.2006.00311.x.
^川井浩史 (1999). “有性生殖にみる多様性”. In 千原 光雄 (編). バイオディバーシティ・シリーズ (3) 藻類の多様性と系統. 裳華房. pp. 118–126. ISBN978-4785358266
^峯一朗 (1999). “紅藻の生殖細胞学”. In 千原光雄 (編). バイオディバーシティ・シリーズ (3) 藻類の多様性と系統. 裳華房. pp. 192–193. ISBN978-4785358266
^West, J. A., Zuccarello, G. C. & Kamiya, M. (2001). “Reproductive patterns of Caloglossa species (Delesseriaceae, Rhodophyta) from Australia and New Zealand: multiple origins of asexuality in C. leprieurii. Literature review on apomixis, mixed‐phase, bisexuality and sexual compatibility”. Phycological Research49: 183-200. doi:10.1046/j.1440-1835.2001.00239.x.
^Littler, M. M., Littler, D. S., Blair, S. M. & Norris, J. N. (1986). “Deep-water plant communities from an uncharted seamount off San Salvador Island, Bahamas: distribution, abundance, and primary productivity”. Deep Sea Research Part A. Oceanographic Research Papers33: 881-892. doi:10.1016/0198-0149(86)90003-8.
^Gonzalez, M. & Goff, L. (1989). “The red algal epiphytes Microcladia coulteri and M. californica (Rhodophyceae, Ceramiaceae). II: Basiphyte specificity”. Journal of Phycology25: 558-567.
^Nelson, W. A. & Knight, G. A. (1996). “Life history in culture of the obligate epiphyte Porphyra subtumens (Bangiales, Rhodophyta) endemic to New Zealand”. Phycological Research44: 19-25. doi:10.1111/j.1440-1835.1996.tb00034.x.
^Ciciotte, S. L. & Thomas, R. J. (1997). “Carbon exchange between Polysiphonia lanosa (Rhodophyceae) and its brown algal host”. American Journal of Botany84: 1614-1616. doi:10.2307/2446623.
^神谷充伸 (1999). “寄生性紅藻の起源:紅藻に寄生する紅藻の巧みな生き残り戦略”. In 千原光雄 (編). バイオディバーシティ・シリーズ (3) 藻類の多様性と系統. 裳華房. pp. 190–191. ISBN978-4785358266
^Sheath, R.G. (2003). “Red Algae”. In Wehr, J.D. & Sheath, R.G. (eds.). Freshwater Algae of North America. Ecology and classification. Elsevier Science USA, San Diego. pp. 197-224. ISBN0127415505
^Wujek, D.E. & Timpano, P. (1988). Rufusia (Porphyridiales, Phragmonemataceae), a new red alga from sloth hair. 25/26. 163-168
^Lee, J. J. (1990). “Fine structure of the rhodophycean Porphyridium purpureum in situ in Peneroplis ertusus (Forskal) and P. acicularis (Batsch) and in axenic culture”. The Journal of Foraminiferal Research20: 162-169. doi:10.2113/gsjfr.20.2.162.
^Seckbach, J. (2010). “Overview on cyanidian biology”. In Seckbach, J. & Chapman, D.J. (eds.). Red Algae in the Genomic Age. Springer, Netherlands. pp. 345-356. ISBN978-90-481-3794-7
^Reeb, V. & Bhattacharya, D. (2010). “The thermo-acidophilic Cyanidiophyceae (Cyanidiales)”. In Seckbach, J. & Chapman, D.J. (eds.). Red Algae in the Genomic Age. Springer, Netherlands. pp. 409-426. ISBN978-90-481-3794-7
^Hehemann, J. H., Correc, G., Barbeyron, T., Helbert, W., Czjzek, M. & Michel, G. (2010). “Transfer of carbohydrate-active enzymes from marine bacteria to Japanese gut microbiota”. Nature464: 908-915. doi:10.1038/nature08937.
^Smith, J. E., Hunter, C. L. & Smith, C. M. (2002). “Distribution and reproductive characteristics of nonindigenous and invasive marine algae in the Hawaiian Islands”. Pacific Science56: 299-315. doi:10.1353/psc.2002.0030.
^羽生田岳昭 (2012). “外来種としての海藻”. In 渡邉信 (監). 藻類ハンドブック. エヌ・ティー・エス. pp. 429-431. ISBN978-4864690027
^Adl, S. M., Bass, D., Lane, C. E., Lukeš, J., Schoch, C. L., Smirnov, A., ... & Cárdenas, P. (2019). “Revisions to the classification, nomenclature, and diversity of eukaryotes”. Journal of Eukaryotic Microbiology66: 4-119. doi:10.1111/jeu.12691.
^Gawryluk, R. M., Tikhonenkov, D. V., Hehenberger, E., Husnik, F., Mylnikov, A. P. & Keeling, P. J. (2019). “Non-photosynthetic predators are sister to red algae”. Nature572: 240-243. doi:10.1038/s41586-019-1398-6.
^Butterfield, N.J. (2000). “Bangiomorpha pubescens n. gen., n. sp.: implications for the evolution of sex, multicellularity, and the Mesoproterozoic/Neoproterozoic radiation of eukaryotes”. Paleobiology26: 386-404. doi:10.1666/0094-8373(2000)026<0386:BPNGNS>2.0.CO;2.
^Bengtson, S., Sallstedt, T., Belivanova, V. & Whitehouse, M. (2017). “Three-dimensional preservation of cellular and subcellular structures suggests 1.6 billion-year-old crown-group red algae”. PLoS Biology15: e2000735. doi:10.1371/journal.pbio.2000735.
^Cohen, P. A., Macdonald, F. A., Pruss, S., Matys, E. & Bosak, T. (2015). “Fossils of putative marine algae from the Cryogenian glacial interlude of Mongolia”. Palaios30: 238-247. doi:10.2110/palo.2014.069.
^Yang, E. C., Boo, S. M., Bhattacharya, D., Saunders, G. W., Knoll, A. H., Fredericq, S., ... & Yoon, H. S. (2016). “Divergence time estimates and the evolution of major lineages in the florideophyte red algae”. Scientific Reports6: 21361. doi:10.1038/srep21361.
^ abcdSaunders, G.W. & Hommersand, M.H. (2004). “Assessing red algal supraordinal diversity and taxonomy in the context of contemporary systematic data.”. Am. J. Bot.91: 1494-1507. doi:10.3732/ajb.91.10.1494.
^Fritsch, F.E. (1945). The structure and reproduction of algae, vol 2. University Cambridge Press, Cambridge. pp. 939
^ abcYoon, H.S., Muller, K.M., Sheath, R.G., Ott, F.D. & Bhattacharya, D. (2006). “Defining the major lineages of red algae (Rhodophyta)”. J. Phycol.42: 482-492. doi:10.1111/j.1529-8817.2006.00210.x.
^ abcdMuñoz-Gómez, S. A., Mejía-Franco, F. G., Durnin, K., Colp, M., Grisdale, C. J., Archibald, J. M. & Slamovits, C. H. (2017). “The new red algal subphylum Proteorhodophytina comprises the largest and most divergent plastid genomes known”. Current Biology27: 1677-1684. doi:10.1016/j.cub.2017.04.054.
^Yoon, H.S., Zuccarello, G.C. & Bhattacharya, D. (2010). “Evolutionary history and taxonomy of red algae”. In Seckbach, J. & Chapman, D.J.. Red Algae in the Genomic Age. Springer, Netherlands. pp. 25-42. ISBN978-90-481-3794-7
^Müller, K.M., Lynch, M.D., & Sheath, R.G. (2010). “Bangiophytes: from one class to six; where do we go from here?”. In Seckbach, J. & Chapman, D.J.. Red Algae in the Genomic Age. Springer, Netherlands. pp. 241-259. ISBN978-90-481-3794-7