נולד לרבי צבי הירש, כמעט ואין ידועים פרטים על ילדותו. התגורר ברשקוב שבבסרביה (בתחומי טרנסניסטריה של ימינו). היה מקובל ואף העתיק כתבים שונים בקבלה בכתב ידו.
ב-2022, 300 שנה לאחר מותו, אותרה מצבתו של רבי שבתי בבית החיים בעיירת ברשקוב, על ידי ישראל מאיר גבאי. [4]
סידורו
כאמור, התפרסם בעיקר בזכות 'סידור' שערך על פי נוסח וכוונות האר"י, שלימים הפך לאחד ממקורותיו של נוסח ספרד. בסידור מזכיר חידושים בקבלה ששמע מפי הבעל שם טוב. רבי מנחם מנדל שניאורסון אמר באחת משיחותיו כי מכל סידורי האריז"ל הרבים שהודפסו, סידורו של רבי שבתי מרשקוב הוא המוסמך לקבוע את נוסח האריז"ל[5].
הסידור נדפס לראשונה בשנת תקנ"ד בקוריץ, עם הסכמות שונות, ביניהם הסכמתו של רבי זושא מאנפולי. מהדורה נוספת נדפסה בשנת תרכ"ו בלבוב.
אחיו של רבי שבתי היה רבי ישראל רב בקאוושן ובלבי. בנו רבי יוסף מילא את מקום אביו באדמו"רות והיה תלמידו של רבי פנחס מקוריץ. נפטר בה' באדרתק"פ.
חיבוריו
סידור רבי שבתי - הרכיב את סידורו מהסידור "קול יעקב" אך השמיט את המקומות בהם שונה "קול יעקב" מכוונות האריז"ל ומצטט רבות מסידור האריז"ל. סידורו נשאר בכתב יד. בשנת תקנ"ד[6] נדפס בקוריץ "סדר תפלה מכל השנה עם כוונות האר"י". הנוסח הוא כמנהג ספרד (אשכנז חסידי) ובנוי על סידור כת"י רבי שבתי מראשקוב וסידור רבי אשר מרגליות בתוספת ייחודים מהבעש"ט[7].
כללות תיקון ועליות העולמות - בו הוא מבאר את התיקון שגורמות המצוות כפי שקיבל מהבעל שם טוב, על פי סדר קיומם במהלך היום.
אספת אמרים - פירוש על מדרש רבה, נדפס מאהלוב תקס"ט, ורשא תרל"ד[8].
^בשנת תקמ"ח נדפסה מכתביו של ר' שבתי חוברת של 12 עמודים של כוונות לתפילות בשם: סדר כללות תיקון ועליות העולמות מכל השנה בקיצור מכתבי האר"י. שם מופיעות כוונות הודו לפני ברוך שאמר.
^הסידור נדפס מחדש עם מבוא והגהות בשנת תשע"ט על ידי מכון גנזים.