XbaI

Endonuklease XbaI
Masse/Länge Primärstruktur 24.700 Da
Bezeichner
Gen-Name(n) XbaI (Rebase)
Enzymklassifikation
EC, Kategorie 3.1.21.4, Restriktionsenzym
Reaktionsart Hydrolyse
Substrat DNA
Produkte Zweisträngige DNA-Fragmente mit terminalen 5'-Phosphatgruppen
Vorkommen
Übergeordnetes Taxon Xanthomonas sp.

XbaI ist ein Restriktionsenzym aus dem Bakterium Xanthomonas badrii (ATCC 11672).

Eigenschaften

XbaI ist eine Endonuklease (Typ II, Subtyp P), die DNA an einer palindromischen DNA-Erkennungsequenz schneidet. In Anwesenheit von Dimethylsulfoxid (DMSO) oder hohen Konzentrationen an Glycerol sinkt die Affinität von XbaI zu der Erkennungssequenz, und die DNA wird unspezifisch geschnitten (Star-Aktivität). Durch den versetzten Schnitt der DNA durch XbaI entsteht ein sticky end mit einem 4-Basen-Überhang und je einer Phosphatgruppe an beiden 5'-Enden der doppelsträngigen DNA-Produkte. XbaI wird durch eine DAM-Methylierung gehemmt, nicht aber durch eine DCM- oder eine CpG-Methylierung. Nach einer Restriktion von DNA in vitro kann XbaI durch 20-minütiges Erhitzen auf 65 °C denaturiert und somit inaktiviert werden.

Erkennungssequenz Restriktionsschnitt 
5'-TCTAGA-3'
3'-AGATCT-5'

5'-T       CTAGA-3'
3'-AGATC       T-5'

Anwendungen

XbaI wird für Restriktionsverdaue im Rahmen von Klonierungen[1] oder Restriktionsanalysen verwendet. Restriktionsanalysen mit XbaI werden bei menschlicher DNA unter anderem zur Bestimmung von DNA-Polymorphismen des Östrogenrezeptors α[2] und ApoB eingesetzt.[3]

Einzelnachweise

  1. ↑ Keith Wilson: Principles and Techniques of Biochemistry and Molecular Biology. Cambridge University Press, 2010, ISBN 978-0-521-51635-8, S. 218.
  2. ↑ H. Weng, C. Zhang, Y. Y. Hu, R. X. Yuan, H. X. Zuo, J. Z. Yan, Y. M. Niu: Association between Estrogen Receptor-α Gene XbaI and PvuII Polymorphisms and Periodontitis Susceptibility: A Meta-Analysis. In: Disease markers. Band 2015, 2015, S. 741972, doi:10.1155/2015/741972, PMID 26688601, PMC 4672125 (freier Volltext).
  3. ↑ W. Gu, M. Zhang, S. Wen: Association between the APOB XbaI and EcoRI polymorphisms and lipids in Chinese: a meta-analysis. In: Lipids in health and disease. Band 14, Oktober 2015, S. 123, doi:10.1186/s12944-015-0125-z, PMID 26446158, PMC 4596460 (freier Volltext).

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