SSCP

Unter SSCP (englisch single strand conformation polymorphism) versteht man ein molekulares Nachweisverfahren, welches die Zusammensetzung und Veränderung von mikrobiellen Lebensgemeinschaften charakterisiert.[1][2] Sie zählt zu den „DNA-Fingerprint“-Methoden.

Prinzip

Ablauf: Mit einer Probe wird eine DNA-Extraktion vorgenommen, wodurch die DNA der Lebensgemeinschaft erhalten wird. Mit dieser wird eine Polymerase-Kettenreaktion mit universellen Primern für die 16S-rRNA durchgeführt.[3] Hierbei handelt es sich auf der einen Seite um einen universellen Rückwärtsprimer mit Phosphatgruppe und auf der anderen Seite um einen universellen Vorwärtsprimer. Die in der PCR entstandenen DNA-Doppelstränge werden mit einer Lambda-Exonuklease verdaut, so dass nur noch DNA-Einzelstränge ohne Phosphatgruppe übrig bleiben. Mit den Einzelsträngen findet nun eine Gelelektrophorese statt. Nach Anfärben (z. B. per Silberfärbung) der DNA im Gel können einzelne Banden aus dem Gel ausgeschnitten, kloniert und sequenziert werden.

Vorteile von molekularen „Fingerprint“-Methoden:

  • Möglichkeit der simultanen Analyse von einer großen Anzahl an Proben
  • Komplexe Populationsdynamiken von Mikroorganismen können erfasst werden

Nachteil von molekularen „Fingerprint“-Methoden:

  • Es werden nur Mikroorganismengruppen erfasst, deren DNA-Anteil über 10 % der originalen Probe ausmacht

Einzelnachweise

  1. ↑ A. Schmalenberger, C. C. Tebbe: Profiling the diversity of microbial communities with single-strand conformation polymorphism (SSCP). In: Methods in molecular biology. Band 1096, 2014, S. 71–83, ISSN 1940-6029. doi:10.1007/978-1-62703-712-9_6. PMID 24515361.
  2. ↑ P. Kozlowski, W. J. Krzyzosiak: Economical protocol for combined single-strand conformation polymorphism and heteroduplex analysis on a standard capillary electrophoresis apparatus. In: Methods in molecular biology. Band 653, 2010, S. 181–192, ISSN 1940-6029. doi:10.1007/978-1-60761-759-4_10. PMID 20721743.
  3. ↑ S. R. Hiibel, A. Pruden, B. Crimi, K. F. Reardon: Active community profiling via capillary electrophoresis single-strand conformation polymorphism analysis of amplified 16S rRNA and 16S rRNA genes. In: Journal of microbiological methods. Band 83, Nummer 3, Dezember 2010, S. 286–290, ISSN 1872-8359. doi:10.1016/j.mimet.2010.10.002. PMID 20940021.

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.