Als einen Prophagen bezeichnet man Phagen-DNA, die in das Genom von Bakterien eingebaut wurde.^[1][2]

Temperente Phagen bauen sich eine Zeit lang in das Bakteriengenom ein. Hier verhalten sie sich dann still, das heißt die Phagengene werden nicht abgelesen. Teilt sich das Bakterium, so werden die Phagengene einfach mit dupliziert. Der Phage wird also mit vermehrt. Die Phagengene können aber oft auch wieder aktiviert werden, so dass der Phage sich wieder aktiv vermehrt und andere Wirtszellen infiziert.^[2]

Prophagen können die Pathogenität von Bakterien deutlich verstärken. So werden z. B. Scharlach (Streptococcus pyogenes), Botulismus (Clostridium botulinum) und Cholera (Vibrio cholerae) als Krankheitsbilder hauptsächlich von den in den Bakterien enthaltenen Prophagen bzw. deren Toxinbildung definiert.^[3]

Prophagen sind Proviren der Bakterien (und Archaeen), analog zur Bezeichnung Bakteriophagen für Bakterienviren (früher Auch für Archaeenviren).

Ein Prophage wird „defektiv“ oder „kryptisch“ genannt, wenn er die Fähigkeit zur Infektion anderer Zellen („horizontale Verbreitung“) verloren hat und nur noch innerhalb eines Bakterienstamms „vertikal“ von einer Zelle auf ihre Nachkommen vererbt wird. Ein Beispiel sind Enterohämorrhagische Escherichia coli (EHEC) mit dem Shiga-Toxin kodierenden Prohagen CP-1639.^[4][5][6]

Als einen Provirophagen bezeichnet man Virophagen-DNA, die in das Genom von Helferviren eingebaut ist.^[7]

• Laura K. Inglis, Michael J. Roach, Robert A. Edwards: Prophages: an integral but understudied component of the human microbiome. In: Microbial Genomics. Band 10, Nr. 1, 2024, doi:10.1099/mgen.0.001166, PMID 38264887, PMC 10868603 (freier Volltext). 

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• SIB: Viral exotoxin. Auf: ViralZone (englisch).

1. ↑ Temperente Phagen. Auf: DocCheck Flexikon.
2. ↑ ^{a b} temperente Phagen. Lexikon der Biologie (spektrum.de).
3. ↑ Harald Brüssow, Carlos Canchaya, Wolf-Dietrich Hardt: Phages and the Evolution of Bacterial Pathogens: from Genomic Rearrangements to Lysogenic Conversion. In: Microbiology and Molecular Biology Reviews. Band 68, Nr. 3, 2004, S. 560, doi:10.1128/MMBR.68.3.560-602.2004, PMID 15353570, PMC 515249 (freier Volltext). 
4. ↑ Julien Lossouarn, Susan Lehman, Igor Tolstoy, Andrew Kropinski, Evelien Adriaenssens, Marie-Agnès Petit: Create a new family Zimmerviridae (Class: Caudoviricetes). ICTV Approved Proposals: 2025.083B.Zimmerviridae_1nf_3nsf_4ng_9ns. Datum der Revision 11. März 2025.
5. ↑ NCBI Taxonomy Browser: Enterobacteria phage CP-1639; equivalent: Prophage CP-1639.
6. ↑ Kristina Creuzburg: Molekularbiologische Charakterisierung Shiga Toxin 1-konvertierender Bakteriophagen und des phagenkodierten Typ III Effektorproteins NleA4795. auf: TU Dresden, 2007. Online (nbn-resolving.org: Ftud.qucosa.de).
7. ↑ Christelle Desnues, Bernard La Scola, Natalya Yutin, Ghislain Fournous, Catherine Robert, Saïd Azza, Priscilla Jardot, Sonia Monteil, Angélique Campocasso, Eugene V. Koonin, Didier Raoult: Provirophages and transpovirons as the diverse mobilome of giant viruses. In: PNAS, Band 109, Nr. 44, 30. Oktober 2012; S. 18078–18083; doi:10.1073/pnas.1208835109, PMC 3497776 (freier Volltext), PMID 23071316, Epub 15. Oktober 2012 (englisch).