OxDNA

oxDNA ist ein Framework zur Modellierung von Molekulardynamik-Simulationen. Es wurde von einer Forschungsgruppe der Oxford University erstellt[1]. Anders als bei All-Atom-Modellen verfolgen die Entwickler eine coarse-grained Strategie bei oxDNA.

OxDNA
Basisdaten

Hauptentwickler Oxford University
Entwickler Oxford University
Betriebssystem macOS, Linux, Windows
Programmier­sprache C++
Kategorie Molekulardynamik-Simulation
https://dna.physics.ox.ac.uk/index.php/Main_Page

Benutzung

Eine Simulation kann nach Installation des oxDNA packages über den Befehl path/to/oxDNAexecutable input_file gestartet werden. Alle relevanten Informationen zur Simulation können im input_file spezifiziert werden. Jede Simulation benötigt jedoch stets ein Topologie File und ein Configuration File, dessen Pfade oxDNA aus dem input_file liest.[1] Weitere Informationen finden sich auf der Dokumentationsseite[2] des Herstellers.

Tools zur Analyse & Integration

  • oxDNA-analysis-tools[3] – verschiedene Analysemethoden für oxDNA Simulationen
  • tacoxdna[4] – Datenkonvertierung zu oxDNA-Inputformat (.top & .oxdna)
  • oxDNA-viewer[5] – Visualisierung
  • oxDNA-handy-scripts[6] – sequenzspezifische Benutzung von tacoxdna

Anwendungsbereiche

  • cadnano[7] – Erstellung von DNA-origami Strukturen, welche nach Umwandlung durch tacoxdna simuliert werden können
  • Molekulardynamik-Simulationen
  • Monte-Carlo-Simulation

Einzelnachweise

  1. ↑ a b OxDNA. Abgerufen am 28. Januar 2021 (englisch).
  2. ↑ Documentation - OxDNA. Abgerufen am 28. Januar 2021.
  3. ↑ Petr Šulc's lab: sulcgroup/oxdna_analysis_tools. 22. Januar 2021, abgerufen am 28. Januar 2021.
  4. ↑ Lorenzo Rovigatti: lorenzo-rovigatti/tacoxDNA. 15. Januar 2021, abgerufen am 28. Januar 2021.
  5. ↑ Petr Šulc's lab: sulcgroup/oxdna-viewer. 22. Januar 2021, abgerufen am 28. Januar 2021.
  6. ↑ Shubham Mishra: Mishrito/oxDNA-handy-scripts. 22. Dezember 2020, abgerufen am 28. Januar 2021.
  7. ↑ Cadnano. Abgerufen am 28. Januar 2021 (englisch).

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