Multilocus Sequence Analysis

Multi-Locus Sequence Analysis (zu deutsch Multi-Locus-Sequenzanalyse, MLSA) ist eine biochemische und bioinformatische Methode der Phylogenomik zur Bestimmung von Verwandtschaftsgraden zwischen Arten und Unterarten, insbesondere von Prokaryoten.[1]

Eigenschaften

Um ein eindeutigeres Ergebnis zu erhalten, wird meistens ein Klon per Ausstrich isoliert. Mit dem Klon wird eine DNA-Extraktion durchgeführt. Die MLSA verwendet die Polymerase-Kettenreaktion (PCR) zur Vermehrung von mindestens fünf bis sieben Haushaltsgenen, gefolgt von einer DNA-Sequenzierung der Haushaltsgene.[1] Die dadurch ermittelten DNA-Sequenzen werden in silico aneinandergehängt („concateniert“) und dann einer DNA-Sequenzanalyse unterzogen.[2]

Die MLSA kann auch mit dem Multilocus Sequence Typing (MLST) kombiniert werden, in dem nur die sich unterscheidenden Haushaltsgene aus einem vorher durchgeführten MLST untersucht werden.[2] Oftmals wird die MLSA zusätzlich zu einer Sequenzierung der 16S-rDNA verwendet.[2]

Literatur

  • S. P. Glaeser, P. Kämpfer: Multilocus sequence analysis (MLSA) in prokaryotic taxonomy. In: Systematic and applied microbiology. Band 38, Nummer 4, Juni 2015, S. 237–245, doi:10.1016/j.syapm.2015.03.007, PMID 25959541.

Einzelnachweise

  1. ↑ a b Michael Goodfellow, Iain Sutcliffe, Jongsik Chun: New Approaches to Prokaryotic Systematics. ISBN 0128001763. S. 221.
  2. ↑ a b c Rainer Kurmayer, Kaarina Sivonen, Annick Wilmotte, Nico Salmaso: Molecular Tools for the Detection and Quantification of Toxigenic Cyanobacteria. ISBN 978-1-119-33210-7 (eingeschränkte Vorschau in der Google-Buchsuche).

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