Ovaj članak ili neki od njegovih odlomaka nije dovoljno potkrijepljen izvorima (literatura, veb-sajtovi ili drugi izvori). Ako se pravilno ne potkrijepe pouzdanim izvorima, sporne rečenice i navodi mogli bi biti izbrisani. Pomozite Wikipediji tako što ćete navesti validne izvore putem referenci te nakon toga možete ukloniti ovaj šablon.

Patogen (od gr. πάθος - pathos - "patnja, strast", i γἰγνομαι - gignomai - "rađam"), ili klica, je biološki agent koji uzrokuje bolest organizma. Patogen, dakle, na grčkom jeziku znači "onaj koji uzrokuje patnju".

Postoji više puteva i sredina iz kojih patogeni mogu doprijeti u organizam domaćina. Period u kojem se patogen može očuvati van ljudskoj tijela zavisi od sredine u kojoj se nalazi, a najduže se može održati u tlu.

Organizam ima mnoge prirodne mehanizme odbrane od najčešćih patogena kao što je Pneumocystis. Odbranu čine čovječiji imuni sistem i neke "korisne" bakterije koje obitavaju u ljudskom tijelu. Dakle, ako su ili imuni sistem ili korisne bakterije oštećeni na neki način, npr. hemoterapijom, virusom HIV ili antibioticima (koji se koriste za uništenje nekih drugih patogena), tada patogene bakterije, do tada uspješno odbijane, počinju svoje ubrzano razmnožavanje i napadaju organizam domaćina. Ovakvi slučajevi zovu se oportunističke infekcije.

Neki patogeni, poput bakterije Yersinia pestis (uzročnik epidemija Crne kuge), virus Variola i protozoa malarije, su uzrokovali veliki broj žrtava i posljedica po preživjele. U današnje vrijeme je potrebno obratiti pažnju na virus HIV-a koji izaziva Sidu (AIDS) i već je zarazio nekoliko miliona ljudi, te SARS (od engleski: Severe Acute Respiratory Syndrome - Teški akutni respiratorni sindrom) i virus gripe.

Iako se medicina uspješno bori protiv mnogih patogena metodom vakcinacije i upotrebom antibiotika i fungicida, patogeni i dalje predstavljaju ozbiljnu prijetnju zdravlju i životu ljudi. Metode prevencije uključuju održavanje tjelesne higijene i higijenu hrane i vode.

Ipak, nisu ni svi patogeni štetni. U entomologiji, nauci o insektima, patogeni služe kao biološko sredstvo za kontrolu populacije gamadi i napasti.

Prema sposobnosti da izazovu bolest, bakterije se dijele na: primarno patogene, uvjetno patogene i nepatogene bakterije.

Primarno patogene bakterije mogu izazvati infekciju i bolest i kod osoba koje imaju očuvan imuni sistem. One najčešće ulaze u organizam preko disajnog, probavnog ili urogenitalnog sistema, a ponekad i putem uboda insekata ili povreda kože. Oštećenja tkiva i organa tokom bakterijske infekcije mogu nastati direktnim djelovanjem bakterija i njihovih toksina ili kao posljedica pretjeranog imunog odgovora domaćina. Kada mikroorganizam dođe u kontakt s domaćinom, može doći do same kolonizacije bez reakcije organizma, zatim do infekcije pri kojoj imuni sistem reaguje, ili do razvoja bolesti sa oštećenjem tkiva i pojavom simptoma. Infekcija ne mora uvijek dovesti do bolesti, jer se može odvijati bez simptoma, što se naziva asimptomatska infekcija ili kliconoštvo.

Uslovno patogene bakterije rijetko izazivaju bolest kod osoba sa očuvanim imunim sistemom, ali često uzrokuju infekcije kod imunokompromitovanih osoba. One su obično dio normalne mikrobiote kože i sluznica, ali ako dospiju u dijelove tijela koji su inače sterilni, mogu izazvati bolest. Escherichia coli je primjer bakterije koja normalno živi u crijevima zdravih ljudi, ali može izazvati infekcije mokraćnih puteva, sepsu ili meningitis. Normalna mikrobiota ima važnu ulogu u očuvanju zdravlja, ali njena ravnoteža može biti poremećena dugotrajnom upotrebom antibiotika širokog spektra, što može dovesti do prekomjernog razmnožavanja uslovno patogenih mikroorganizama, poput gljivica koje izazivaju kandidijazu.

Virulencija predstavlja stepen sposobnosti mikroorganizma da izazove bolest i zavisi od njegove invazivnosti, infektivnosti i patogenog potencijala. Unutar iste vrste bakterija mogu postojati različiti sojevi koji se razlikuju po stepenu virulencije. Ona označava sposobnost mikroorganizma da ošteti organizam domaćina i rezultat je složene interakcije između bakterije i domaćina.

Iako većina bakterija nije štetna ili je čak korisna, nekoliko vrsta bakterija mogu izazvati infektivne bolesti. Najčešće su tuberkuloza (Mycobacterium tuberculosis), upala pluća (mogu je izazvati bakterije Streptococcus i Pseudomonas), zatim trovanja hranom, odnosno bakterijama Shigella, Campylobacter i Salmonella. Patogene bakterije su uzrok i tetanusa, tifusa, difterije, sifilisa i lepre. Bakterije obično mogu uništiti antibiotici. Dužina bakterija iznosi oko 1-5 mikrometara.

Patogeni virusi najčešće su pripadnici familija Adenoviridae, Picornaviridae, Herpesviridae, Hepadnaviridae, Flaviviridae, Retroviridae, Orthomyxoviridae, Paramyxoviridae, Papovaviridae, Rhabdoviridae, Togaviridae, i izazivaju bolesti poput boginja, gripe, zaušnjaka, ospica, šarlaha i sl. I Ebola je patogeni virus. Dužina virusa je oko 20-300 nanometara.

Nova teorija o patogenima tvrdi da što je veća njihova sposobnost da prežive van organizma domaćina to su više opasniji. Na primjer, virus boginja (variola virus) može opstati van ljudskog tijela oko 885 dana. Ovo je i jedan od najsmrtonosnijih virusa, jer ubija jednog od deset zaraženih. Virus tuberkuloze ubija jednog od pet zaraženih, a može opstati samo 244 dana van tijela čovjeka. Smrtonosni virus Ebole ubija devet od deset zaraženih ljudi.

Jedan od primarnih uzroka kontaminacije hrane ili vode je ispuštanje nefiltriranih i netretiranih kanalizacionih otpadnih i fekalnih voda u vodene tokove ili poljoprivredno zemljište. Ljudi koji se hrane i piju na takvim područjima neminovno postaju žrtve zaraze. Prljave ruke i uopšte neodržavanje lične higijene i higijene stanovanja samo pospješuju mogućnost pojave zaraze i njeno širenje.