Gagasan untuk mendirikan Universitas Muhammadiyah Palangka Raya berawal dari hasil Muktamar Muhammadiyah ke 41 di Surakarta, Jawa Tengah, yang ditindaklanjuti oleh Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Kalimantan Tengah dengan membentuk panitia pendirian Universitas Muhammadiyah Palangka Raya melalui surat keputusan No. A-2/18/SK-PWM/1986 tanggal 28 Agustus 1986.
Pendirian Universitas Muhammadiyah Palangka Raya diresmikan oleh Gubernur Kalimantan Tengah dan dihadiri oleh Ketua Majelis Pendidikan Tinggi dan Penelitian Pengembangan Pusat Muhammadiyah, pada tanggal 1 Muharram 1408 H, bertepatan dengan 24 September 1987 M. Pada awal berdirinya, Universitas Muhamamdiyah Palangka Raya memiliki 4 (empat) fakultas, yaitu Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Fakultas Pertanian dan Fakultas Agama Islam. Perkembangan selanjutnya berdiri Fakultas Teknik pada tahun 1988, Fakultas Kehutanan pada tahun 2000 dan Fakultas Ilmu Kesehatan pada tahun 2006. Pada tahun 2011, Fakultas Pertanian digabung dengan Fakultas Kehutanan dan menjadi Fakultas Pertanian dan Kehutanan.
