DAS Benanain memiliki luas mencapai 3.158 km2 yang meliputi Kabupaten Malaka, Kabupaten Timor Tengah Utara, Kabupaten Timor Tengah Selatan serta sebagian kecil Kabupaten Belu. Sekaligus menjadi DAS terluas di ProvinsiNusa Tenggara Timur. Karakteristik Sungai Benanain yang memiliki fluktuasi debit yang sangat ekstrim, memberi indikasi bahwa kondisi DAS Benanain mengalami kerusakan yang sangat kritis. Hal tersebut membuat sungai ini kerpa mengalami banjir besar setiap tahunnya.
Anak sungai
Anak sungainya yang terbesar meliputi:
Sungai Baen
Sungai Biau
Sungai Asban
Sungai Okan
Sungai Muti
Sungai Bunu
Sungai Fatu
Sungai Laku
Sungai Besi
Geografi
Sungai ini mengalir di wilayah selatan tengah pulau Timor yang beriklimsabana (kode: Aw menurut klasifikasi iklim Köppen-Geiger).[4] Suhu rata-rata setahun sekitar 26 °C. Bulan terpanas adalah November, dengan suhu rata-rata 29 °C, and terdingin Juni, sekitar 23 °C.[5] Curah hujan rata-rata tahunan adalah 1760 mm. Bulan dengan curah hujan tertinggi adalah Januari, dengan rata-rata 305 mm, dan yang terendah September, rata-rata 5 mm.[6]
Pemanfaatan
Penduduk di sepanjang Sungai Benanain memanfaatkan aliran sungai untuk sumberdaya pertanian dan perikanan dengan cara memancing atau menjala. Terdapat Bendung Benanain[7] yang berada di Desa Kakaniuk, Kecamatan Malaka Tengah, Kabupaten Malaka yang mampu mengalirkan air ke lahan 15.000 hektar lahan pertanian. Selain untuk pertanian bendung ini juga untuk penanggulangan banjir.