Asal-usul pembangunan stasiun ini dapat dilacak dari masterplan pembangunan jalur kereta api lingkar luar Jakarta yang dibuat oleh Departemen Perhubungan Republik Indonesia pada awal dekade 1990-an. Tujuannya agar kereta api angkutan barang tidak memasuki wilayah DKI Jakarta. Rutenya dari Stasiun Parung Panjang menuju Stasiun Cikarang. Namun, krisis finansial Asia 1997 menyebabkan rancangan itu berhenti di tengah jalan sehingga jalur kereta api hanya sampai ke Stasiun Nambo. Untuk mengisi slot rute yang kosong ini, dioperasikanlah KRD Nambo pada tahun 1999 hingga 2006. Pada tahun 2006, KRD tersebut berhenti beroperasi karena usia KRD yang sudah tua dan tidak layak operasi. Otomatis stasiun dan jalurnya juga dinonaktifkan.[3]
Pada 3 Juni 2021, Badan Pengelola Transportasi Jabodetabek (BPTJ) bersama Kepala Dinas Perhubungan Depok dan perwakilan dari Pemerintah Kota Depok melaksanakan kajian lapangan sebagai upaya menindaklanjuti reaktivasi stasiun ini.[4][5] Mengawali proses pembangunan kembali, bangunan lama dan peron stasiun telah dibongkar sejak 12 Juni2022 dan selesai dibangun pada 2023.[6]
Setelah memenuhi seluruh perizinan dan melaksanakan berbagai pengujian persyaratan teknis oleh Balai Pengujian Perkeretaapian, Stasiun Pondok Rajeg resmi dioperasikan kembali pada 19 Oktober 2024 oleh PT Kereta Commuter Indonesia (KCI) atau KAI Commuter melalui peresmian secara simbolis oleh Menteri PerhubunganBudi Karya Sumadi, Direktur Jenderal Perkeretaapian, Kepala BPTJ, Walikota Depok, dan berbagai pejabat tinggi lain.[7]
Bangunan dan tata letak
Stasiun Pondok Rajeg hanya memiliki satu jalur kereta api dan satu peron sisi.
Sebelum dibangun kembali, stasiun ini belum dapat dioperasikan mengingat kondisinya rusak, memprihatinkan dan tidak terawat sejak 2013 dan di seluruh bagian stasiun penuh dengan vandalisme. Saat malam, tempat ini sering digunakan sebagai tempat menongkrong sembari menikmati KRL dan kereta api semen Nambo yang tengah melintas.[8]
Usai rampung dibangun kembali pada tahun 2023, stasiun ini memiliki bangunan yang ditingkatkan dengan perpanjangan peron dari 60 meter menjadi 240 meter serta peninggian rel pada emplasemen di antaranya setinggi 40 cm sampai 150 cm.[9]
