Setelah 2 tahun, PT Kereta Api mengoperasikan KRDManggarai-Nambo pp. Sayangnya karena kereta yang sudah kuno dan okupansi yang rendah, maka jalur ini sempat ditutup pada 2006.[4] Sejak 1 April 2015, jalur cabang ke Nambo mulai melayani Commuter Line Bogor.
Stasiun ini hanya memiliki dua jalur kereta api. Jalur 1 merupakan sepur lurus arah Manggarai, sedangkan jalur 2 merupakan sepur lurus arah Bogor. Percabangan ke arah Nambo dimulai dari jalur 1.