Ia mengakhiri karier bermainnya bersama klub Austria Red Bull Salzburg, di mana ia kemudian mengambil peran kepelatihan sebagai pelatih tim cadangan dan akhirnya menjadi asisten manajer di bawah manajer tim Ricardo Moniz. Pada Januari 2013, Kovač ditunjuk sebagai pelatih tim nasional U-21 Kroasia dan pada Oktober 2013 ia mengambil alih kursi pelatih tim senior Kroasia menyusul pemecatan pelatih sebelumnya Igor Štimac. Kovač memanajeri Kroasia pada Piala Dunia FIFA 2014, kemudian ia menjadi pelatih kepala Eintracht Frankfurt pada 2016, memenangkan final Piala DFB 2018 bersama klub. Pada saat melatih Bayern, Kovač memenangkan gelar ganda domestik pada tahun 2019 setelah akhir musim yang bagus, tetapi kehilangan pekerjaannya pada musim gugur. Pada musim panas 2020, Kovač ditunjuk sebagai manajer Monaco, namun dipecat pada 1 Januari 2022.[3][3]
