Harris masuk dalam daftar 100 orang paling berpengaruh di dunia versi majalah Time tahun 2010,[2] dan dianugerahi bintang di Hollywood Walk of Fame pada bulan September 2011.[3] Harris juga membawakan acara Tony Awards di Broadway tahun 2009, 2011, 2012, dan 2013.[4]
Harris sudah terlibat di Broadway sebagai tokoh musikal dan drama. Ia memerankan Tobias Ragg dalam pertunjukan konser Sweeney Todd tahun 2001. Tahun 2002, ia dan Anne Heche ambil peran di Proof. Tahun 2003, ia memerankan Emcee di Cabaret bersama Deborah Gibson dan Tom Bosley. Karena penampilannya di Cabaret, Harris menjadi pemeran Emcee paling populer menurut GuestStarCasting.com, mengalahkan bintang selebriti John Stamos dan Alan Cumming.[9] Pada tahun 2004, ia terlibat sebagai pemeran tokoh ganda Balladeer dan Lee Harvey Oswald di Broadway dalam revival musikal Assassins karya Stephen Sondheim. Ia juga memerankan Charles (awalnya diperankan Anthony Perkins) dalam rekaman Evening Primrose karya Sondheim yang dirilis oleh Nonesuch, dan Mark Cohen dalam musikal Rent. Ia kembali memerankan Mark Cohen di Saturday Night Live episode 10 Januari 2009 yang ia bawakan sendiri.
Harris membawakan acara anugerah Tony Awards sebanyak empat kali: 63rd Tony Awards tanggal 7 Juni 2009,[13]65th Tony Awards tanggal 12 Juni 2011, 66th Tony Awards tanggal 10 Juni 2012, dan 67th Tony Awards tanggal 9 Juni 2013. Hanya Angela Lansbury yang sudah membawakan Tony Awards sebanyak lima kali.[14] Keterlibatannya sebagai pembawa acara Tony Awards membuat Harris memenangkan tiga Emmy Awards pada tahun 2010, 2012, dan 2013.[15]
Harris rencananya akan memerankan tokoh utama di musikal rock Hedwig and the Angry Inch pertama buatan Broadway pada tahun 2014.[16]
Televisi
Pada tahun 1989, Harris mendapatkan peran utama di Doogie Howser, M.D., dan karena peran itu juga ia masuk nominasi Golden Globe. Setelah musim keempatnya berakhir tahun 1993, Harris memerankan beberapa tokoh tamu di berbagai seri televisi, salah satunya Murder She Wrote. Sejak 1999 sampai 2000, Harris dan Tony Shalhoub membintangi sitkom NBCStark Raving Mad yang berlangsung selama 22 episode. Ia menjadi pemeran utama di sejumlah film fitur televisi; beberapa di antaranya adalah Snowbound: The Jim and Jennifer Stolpa Story (1994), My Ántonia (1995), The Christmas Wish (1998), Joan of Arc (1999), The Wedding Dress (2001), dan The Christmas Blessing (2005).
Ia juga membawakan 61st Primetime Emmy Awards pada tanggal 20 September 2009. Pada 21 Agustust 2010, ia memenangkan dua Emmy Award di acara penganugerahan Creative Arts Emmy Awards, salah satunya ditujukan pada penampilannya di seri televisi Glee.[21] Harris membawakan 65th Primetime Emmy Awards pada tanggal 22 September 2013; ia sudah dua kali menjadi pembawa acara Emmy Awards.[15][22][23]
Setelah ditayangkan singkat di San Diego Comic-Con, episode musikal Batman: The Brave and the Bold yang menampilkan Harris sebagai Music Meister tayang predana pada tanggal 23 Oktober 2009 di Cartoon Network. Sebagai tokoh yang bisa membuat semua orang melakukan keinginannya dengan bernyanyi, sebagian besar episode dihabiskannya dengan menyanyikan lagu-lagu asli.[24]
Harris adalah penggemar sulap, seperti tokoh yang diperankannya di How I Met Your Mother. Ia menjabat sebagai Presiden Dewan Direktur Magic Castle Hollywood.[25] Harris memenangkan Tannen's Magic Louis Award tahun 2006 dan membawakan 2008 World Magic Awards pada 11 Oktober 2008. Selain itu, Harris dan David Burtka menjadi tamu kehormatan episode Top Chef Masters yang direkam di Magic Castle. Harris juga bermain sulap dalam penampilannya di Glee yang kemudian memenangkan Emmy Award.
Harris membenarkan bahwa ia gay pada November 2006 dengan mengatakan, "Saya ingin mematahkan rumor atau kabar burung manapun dan saya cukup bangga menyatakan bahwa saya adalah pria gay bahagia yang menjalani hidup sepenuhnya dan merasa sangat beruntung bisa bekerja dengan orang-orang hebat di industri yang saya cintai."[30]
Harris menghadiri Emmy Awards pada September 2007 bersama tunangannya, David Burtka, dan mengonfirmasi hubungan mereka. Ia mengaku telah membina hubungan sejak 2004 dalam sebuah wawancara di The Ellen DeGeneres Show.[31] Tanggal 14 Agustus 2010, Harris mengumumkan bahwa ia dan Burtka sedang menunggu kelahiran anak kembar melalui ibu pengganti.[32][33]Anak kembar fraternal Gideon Scott, laki-laki, dan Harper Grace, perempuan, lahir pada tahun 2010.[34][35]
Setelah Marriage Equality Act disahkan di New York tanggal 24 Juni 2011, Harris dan Burtka mengumumkan pertunangan mereka melalui Twitter[36] sambil menyatakan bahwa mereka sudah melamar lima tahun sebelumnya namun merahasiakannya sampai pernikahan sesama jenis dianggap sah secara hukum.[37]
Di A Very Harold & Kumar 3D Christmas, ada lelucon yang menyindir pengumuman gay Harris. Karena sifat tokoh yang diperankannya di film ini adalah heteroseksual dan perayu wanita, Harris berpura-pura gay agar semua wanita merasa ia tidak begitu mengesalkan. Burtka juga memerankan dirinya sendiri sebagai penjual obat-obatan rahasia untuk Harris.
Harris dan Burtka membeli rumah jenis townhouse di Fifth Avenue di Harlem pada 2013. Sebelumnya mereka sudah menetap di Harlem selama beberapa tahun.[38]
Di samping berkarier dalam dunia seni peran, Harris memberikan dukungan dan telah berkontribusi dalam berbagai amal, organisasi, dan yayasan.
Pada bulan Oktober 2014, Harris menghadiri acara makan malam untuk Yayasan AIDS Elton John[39] adn pada bulan September 2016, dia dan pasangannya menjadi tuan rumah kehormatan dari sebuah acara memasak kuliner untuk membantu mengumpulkan uang bagi Yayasan Stand Lemonade Alex.