Pada 25 September 1629, ia ditunjuk langsung oleh Dewan Hindia untuk menjadi Gubernur Jenderal sementara. Pada awal kepemimpinannya, Batavia dikepung oleh sekitar 30.000 tentara Mataram. Pengepungan tersebut berakhir tiba tiba pada bulan November pada tahun yang sama. Setelah pengepungan itu ia membangun kota Batavia kembali. Ia membangun parit di sekeliling kota untuk memaksimalkan perlindungan.
Dalam menanggulangi orang Mataram ia memperalat orang Tionghoa. Mereka diadu-domba olehnya dengan orang Jawa Mataram. Hal ini adalah salah satu bibit pertikaian antara orang pribumi dan orang keturunan Tionghoa di Indonesia dewasa ini.
Selain menjabat sebagai Gubernur-Jenderal, Specx pernah pula menjadi wakil Belanda di Jepang. Semasa di Jepang itulah, ia memiliki seorang gundik, yang melahirkan Saartje Specx.
Misi Ke Jepang dan Korea
Jacques Specx mengepalai armada yang berangkat dari Texel. Armada ini terdiri dari 11 kapal pada 1607 di bawah komando Willemsz Verhoeff. Setelah tiba di Bantam, dua kapal melanjutkan perjalanan untuk mendirikan hubungan perdagangan resmi antara Belanda dan Jepang.[1] Dua kapal tersebut adalah De Griffioen dan Roode Leeuw met Pijlen. Di antarapara kru kapal terdapat Abraham van den Broeck and Nicolaas Puyck. Kapal-kapal ini tiba di Jepang pada 2 Juli1609.[2]
Daftar delegasi yang berangkat ke Jepang tersebut tidak diketahui secara pasti. Tapi diketahui bahwa van den Broeck dan Puyck pergi ke Shogunal Court, dan Melchior van Santvoort bertindak sebagai penerjemah. Shogun menyetujui permohonan Belanda akan akses ke semua pelabuhan di Jepang. Semenjak itu, ia (Specx menjadi pedagang yang sukses di Nagasaki.
Pada September 1609, dewan perdagangan memutuskan untuk menyewa sebuah rumah di Pulau Hirado (yang terletak di selatan pulau utama Jepang, Kyushu). Jacques Specx lalu menjadi "Opperhoofd" (Ketua) pertama di tempat baru ini.[3]
^Opstall, M.E. van (1972) De reis van de vloot van Pieter Willemsz Verhoeff naar Azie 1607 – 1612 (The voyage of the fleet of Pieter Willemsz Verhoeff to Asia 1607 – 1612), p. 141.
