Kuerten mulai bermain tenis pada usia enam tahun. Pada usia 14 tahun ia bertemu dengan Larri Passos, yang kemudian menjadi pelatihnya selama 15 tahun berikutnya. Sejak saat itu keduanya rajin berkeliling dunia untuk mengikuti turnamen-turnamen junior. Kuerten menjadi pemain profesional pada tahun 1995.
Tahun 1997, ia membuat kejutan dengan menjuarai Prancis Terbuka. Saat mengikuti turnamen ia berada di peringkat 66 dunia. Berkat kemenangannya ia masuk ke peringkat 20 besar dunia. Setelah itu, selama satu setengah tahun berikutnya ia bermain buruk akibat merasa tertekan setelah menjadi juara di Prancis Terbuka. Pada tahun 1999, ia menjadi orang Brasil pertama yang mencapai babak perempat final Wimbledon sejak Thomaz Koch melakukannya pada tahun 1967.
Ia menjuarai Prancis Terbuka untuk kedua kalinya pada tahun 2000 dan mengakhiri tahun di peringkat pertama dunia. Di penghujung tahun tersebut, ia meraih gelar Tennis Masters Cup, mengalahkan Pete Sampras, Marat Safin, dan Andre Agassi di perjalanannya. Gelar Prancis Terbuka ketiga diraihnya pada tahun berikutnya.
Tahun 2002 dan 2003 ia terhenti di babak keempat Prancis Terbuka. Pada tahun berikutnya, ia tidak bermain banyak akibat terserang cedera. Ia memutuskan untuk beristirahat dari tur ATP pada September agar dapat melaksanakan pemeriksaan yang rinci terhadap pahanya yang sakit dan baru kembali bermain pada Februari 2005. Tahun tersebut ia tidak meraih satu gelarpun dan mengakhiri tahun di luar 100 besar dunia untuk pertama kalinya sejak tahun 1996.
Gaya permainan
Permukaan lapangan yang paling ia sukai adalah tanah liat, sehingga tak heran bila ketiga gelar Grand Slam yang diraihnya terjadi di lapangan Roland Garros (Prancis Terbuka) yang terbuat dari tanah liat. Ia mempunyai serve yang unik dan ground stroke yang kuat.
