Pada masa kepemimpinan Prof. Djohar, dirancang pengubahan Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Yogyakarta menjadi universitas. Untuk kepentingan ini, Djohar membentuk tim untuk mempersiapkan perubahan. Pada tahun 1997-1998, mandat perluasan IKIP Yogyakarta pun keluar sehingga dimulailah pendirian program-program studi nonkependidikan di IKIP Yogyakarta. Kehadiran program studi nonkependidikan ini tidak menggeser keberadaan program studi kependidikan yang terlebih dahulu ada. Sejak saat itu, di IKIP Yogyakarta dikenal dua macam jurusan, misalnya, matematika, terdapat jurusan matematika dan pendidikan matematika.[1]
Tahun 1999, turun mandat kedua, yaitu perubahan Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan Yogyakarta menjadi Universitas Negeri Yogyakarta secara kelembagaan. Keputusan pengubahan ini terjadi pada masa kepemimpinan rektor berikutnya, yaitu pada masa kepemimpinan Prof. Drs. Suyanto, M.Ed., Ph.D..[1]
Mengabdi hingga tutup usia
Sebagai Pegawai Negeri Sipil (PNS, sekarang ASN), Djohar mengabdikan dirinya hingga masa pensiun dari Fakultas MIPA Universitas Negeri Yogyakrata tahun 2004. Setahun berselang, Prof. Dr. Djohar, M.S. menjadi Rektor di Universitas Sarjanawiyata Tamansiswa. Jabatan ini diembannya selama dua periode, hingga berakhir tahun 2011. Selepas menjadi Rektor Universitas Sarjanawiyata Tamansiswa ini, ia kembali ke IKIP Yogyakarta yang telah berubah menjadi Universitas Negeri Yogyakarta. Ia menjadi profesoremeritus di Program Pascasarajan Universitas Negeri Yogyakarta. Dirinya menjadi guru besar emeritus hingga akhir usia.[2]
Pemikiran
Djohar memandang, Lembaga Pendidikan Tenaga Kependidikan (LPTK) memiliki peranan penting dalam kemajuan dunia pendidikan di Indonesia. Oleh karena itu, dirinya berharap LPTK tidak hanya menjadi tempat belajar bagi calon guru, tetapi juga menjadi sumber dari segala informasi para pendidik. Kendati demikian, Djohar menilai, tidak mudah menstandarkan LPTK. Perbaikan LPTK semestinya tidak sekadar simbol-simbol, melainkan sampai kepada ranah filosofis. Hal ini dapat tercapai jika ada keseimbangan antara teori dengan praktik.[4]
Karya
Bagian berikut memuat sebagian karya Prof. Dr. Djohar, M.S.
Filsafat Pendidikan Ki Hadjar Dewantara dalam Kehidupan Nyata (2017)
Guru, Pendidikan, dan Pengembangannya (Penerapan dalam Pendidikan dalam UU Guru) (2006)
Pengembangan Pendidikan Nasional Menyongsong Masa Depan (2006)
Pendidikan Strategik: Alternatif untuk Pendidikan Masa Depan (2003)
Reformasi dan Masa Depan Pendidikan Indonesia (1999)
Usaha Peningkatan Daya Guna dan Hasil Guna Penggunaan Sumber Belajar (1964)
Karya tentang Djohar
Reformasi dan Masa Depan Pendidikan di Indonesia: Sebuah Rekonstruksi Pemikiran Prof. Dr. Djohar, M.S. (1999, editor: Ans Syahrul Alimi & M. Fadhilah Zaidie)
