Makassar sebagai ibu kota provinsi Sulawesi Selatan memiliki struktur kepemimpinan yang dimulai dari wali kota. Pada 1918, posisi asisten residen yang sebelumnya memimpin pemerintahan di Makassar pada akhirnya berubah status menjadi wali kota. Wali kota pertama adalah J. E. Dambrink yang merupakan keturunan Belanda. Pada mulanya, seorang wali kota dapat merangkap jabatan sebagai ketua dewan kota dengan didampingi pembantu wali kota yang terpilih berdasarkan pemilihan umum dengan suara terbanyak.
Wali Kota Makassar sejak 2019 dijabat oleh pejabat sementara yang ditunjuk oleh Menteri Dalam Negeri. Dalam pemilihan umum kepala daerah Indonesia 2018, Munafri Arifuddin maju sebagai calon wali kota Makassar, dengan didukung oleh 10 partai politik yang mewakili 43 dari 50 kursi di DPRD Makassar.[1] Lawannya adalah wali kota petahana, Mohammad Ramdhan Pomanto. Namun, Pomanto didiskualifikasi oleh KPUD Makassar karena kesalahan prosedur.[2] Munafri pun maju sebagai calon tunggal, tetapi ia tetap harus memperoleh lebih dari separuh suara karena ada opsi kotak kosong.[3]
Dalam pemilu, Munafri mendapat 264.245 suara, sedangkan kotak kosong mendapat 300.795 suara.[4] Munafri menggugat ke Mahkamah Konstitusi, tetapi hakim menolak gugatannya dan memperkuat putusan KPUD. Hasilnya, pemilihan ulang diulang tahun 2020 dan wali kota Makassar diusulkan oleh Gubernur Sulawesi Selatan dan ditunjuk oleh Menteri Dalam Negeri.[5][6] Kekalahan Munafri merupakan kemenangan kotak kosong pertama dalam sejarah pilkada Indonesia.[7][8]
Dalam tumpuk pemerintahan, seorang kepala daerah yang mengajukan diri untuk cuti atau berhenti sementara dari jabatannya kepada pemerintah pusat, maka Menteri Dalam Negeri menyiapkan penggantinya yang merupakan birokrat di pemerintah daerah atau bahkan wakil wali kota, termasuk ketika posisi wali kota berada dalam masa transisi.
^Jabatan Wali Kota definitif selesai, namun karena tidak ada pemenang pada Pemilihan umum Wali Kota Makassar 2018, maka jabatan Wali Kota diisi sementara oleh ASN sebagai Pelaksana Harian dan Penjabat
^Dutch East Indies (1922). Gemeenteraad van Makassar. Regeerings-almanak voor Nederlandsch-Indie. hlm. 810–811.Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)
^ abMakassar (1918–1942). Burgemeesters in Nederlands-Indië 1916-1942. hlm. 206.Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)