З 1918 року навчався у Варшавській школі мистецтв, в 1921–1924 — в Краківській художньої академії, в 1924–1931 продовжив вивчення живопису у Франції, потім повернувся до Польщі.
1942 року в Ташкенті познайомився з О. М. Толстим, з Анною Ахматовою. Можливо, саме Чапському присвячено її вірш «В ту ночь мы сошли друг от друга с ума…» («У ту ніч ми зійшли один від одного з розуму …») (другий і останній раз вони бачилися в 1965 році в Парижі). 1943 року переправився до Ірану, згодом воював на італійському фронті.
Автор мемуарних книг про ГУЛАГ «Старобєльські спогади» (1944), «На нелюдській землі» (1949), збірки лекцій про Марселя Пруста «Proust contre la déchéance» (написана в таборі Грязовця в 1940—1941 рр., опублікована у Франції в 1948 р., польське і німецьке видання), художників-постімпресіоністів, зокрема — про улюбленого Сезанна.
Józef Czapski. Malarstwo i rysunek (wstęp Joanna Pollakówna; Muzeum Archidiecezji Warszawskiej, Варшава, 20 лютого-7 квітня1990)
Dzienniki Józefa Czapskiego. Katalog (kalendarium oprac. Joanna Pollakówna, wstęp Janusz Marciniak; Galeria Wystaw Autorskich, Muzeum Narodowe w Poznaniu 1991)
Józef Czapski. Malarstwo ze zbiorów szwajcarskich. Katalog (teksty: Jean Louis Kuffer, Stanisław Rodziński; Краків — Познань — Варшава, березень-серпень1992)
Wnętrze. Człowiek i miejsce. Józef Czapski w stulecie urodzin (koncepcja, wybór tekstów i ilustracji Krystyna Zachwatowicz, redakcja Zofia Gołubiew przy współpracy Barbary Małkiewicz; Muzeum Narodowe w Krakowie, 3 квітня — 19 травня1996, ISBN 83-902718-8-5)
Józef Czapski. Widzenie życia (oprac. W. Z. Wojciech Zmorzyński; Muzeum Narodowe w Gdańsku Oddział Sztuki Współczesnej, marzec-czerwiec 2000, ISBN 83-911786-4-1)
Catalogue de l'Exposition de la Galerie Motte (передмова: Daniel Halévy; Женева1951)
Catalogue de l'Exposition de la Galerie M. Bénézit (передмова: Józef Czapski; Париж1952)
Catalogue de l'Exposition de la Galerie Bénézit (передмова: Michel de Ghelderode; Париж 1961)
Catalogue de l'Exposition de la Galerie Motte (передмова: Jeanne Hersch; Женева 1966)
Catalogue de l'Exposition de la Galerie Motte (передмова: Konstanty A. Jeleński; Женева 1966)
Catalogue de l'Exposition de la Galerie Motte (передмова: Thierry Vernet; Женева 1971)
Catalogue d'Exposition de la Galerie Briance (передмова: Jean Briance; Paryż, листопад-грудень1978)
Joseph Czapski. Rétrospective (тексти: Jean Louis Kuffer, Michel de Ghelderode, Wojciech Karpiński, Jeanne Hersch, Andrzej Wajda; Musée Jenisch, Vevey, 30 червня-15 вересня1990)
Українські переклади
Юзеф Чапський. На нелюдській землі / переклад з польської Олеся Герасима. — Київ : Книги ХХІ, 2017. — 320 с.
Чапський Ю. На нелюдській землі / пер. з польської Олеся Герасима. — Чернівці :Книги ХХІ, 2023. — 320 с.
Jan Zieliński, Józef Czapski. Krótki przewodnik po długim życiu (Wydawnictwo Instytutu Badań Literackich 1997, ISBN 83-85605-94-0)
Czapski i krytycy (вибране; wybór i opracowanie Małgorzata Kitowska-Łysiak i Magdalena Ujma; Wydawnictwo UMCS 1996, ISBN 83-227-0903-X)
Małgorzata Żarczyńska, Historia. Kultura. Religia. Pisarstwo Józefa Czapskiego (Wydawnictwo Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie 2001, ISBN 83-7299-088-3)
Emmanuel Dufour-Kowalski, Joseph Czapski, un destin polonais (L'Age d'Homme, Lozanna 1997)
Jil Silberstein, Lumières de Joseph Czapski (Les Éditions Noir sur Blanc 2003; польське видання: Józef Czapski. Tumult i olśnienia, przekł. Anna Michalska, Les Éditions Noir sur Blanc 2004, ISBN 83-7392-046-3)