Восени 1911 року учнями варшавських шкіл був організований клуб, який отримав назву «„Полонія“ Варшава». У 1915 році у результаті переоформлення клуб став спортивним. У 1921 році «Полонія» дебютувала у чемпіонаті Польщі, здобувши титул віце-чемпіона. У 1939 році клуб припинив існування.
Під час Другої світової війни на початку 1942 року клуб відновив діяльність. У 1946 команда перемогла у першому повоєнному чемпіонаті. У 1948 рішенням польських влад багато клубів розформовано і організовано галузеві клуби на зразок радянських команд. «Полонія» була приписана до залізничної промисловості і перейменована на «Колеяж Варшава». У 1952 клуб здобув свій перший Кубок.
У 1957 році повернено історичну назву «Полонія Варшава». У 1997 році команда дебютувала в європейських турнірах. У 2000 у назві клубу була додана назва спонсору ГООП (HOOP). Але невдовзі отримав свою сучасну назву. 11 липня2008 року президент «Полонії» викупив акції клубу «Дискоболія» (Гродзиськ-Великопольський), який виступав у Екстракласі. У результаті цієї транзакції «Дискоболія» припинила існування, а «Полонія» отримала її колишніх футболістів і підвищилася у класі.
.png){kind=small}
