De Hagenaar Nooteboom werd op school vaak als 'lastpak' weggestuurd, en zou op niet minder dan vier middelbare scholen hebben schoolgegaan. Na de dood van zijn vader bij het bombardement op het Bezuidenhout in 1945 werd hij door zijn stiefvader op kostscholen gestuurd: een franciscaner klooster in Venray en het Augustinianum in Eindhoven, maar hij maakte zijn middelbare school af aan een avondgymnasium te Utrecht.
Hij begon met werken in 1951 bij een bank in Hilversum, maar zwierf vanaf 1953 door Europa, nadat hij was afgekeurd voor zijn dienstplicht in het leger omdat hij 'te mager' zou zijn. Tijdens zijn reis schreef hij het eerste hoofdstuk van zijn debuutroman Philip en de anderen. In Parijs leerde hij Philip Mechanicus kennen, met wie hij naar Cannes trok en vandaar naar Nederland. In 1955 kwam zijn debuut Philip en de anderen uit waarvoor hij de eerste Anne Frank-prijs ontving. De naam Philip was een verwijzing naar Mechanicus. In 1956 volgde de dichtbundel De doden zoeken een huis, en in datzelfde jaar schreef hij zijn eerste grote journalistieke reportage voor Het Parool over de Hongaarse opstand, waarvoor hem een reisbeurs werd toegekend. Aan het eind van de jaren vijftig begon hij reisverhalen te schrijven voor Elsevier. Dit zou zijn genre blijven.
Na De ridder is gestorven (1963) schreef hij bijna twintig jaar geen roman. Vanaf 1961 was hij redacteur bij de Volkskrant, maar in 1967 werd hij reisredacteur bij het tijdschrift Avenue. In een verslag van een reis naar New York schreef Nooteboom in januari 1975 dat de twee torens van het plaatselijke World Trade Center, dan nog maar twee jaar oud, op een rare manier kwetsbaar en fragiel ogen: "iets wat nooit kan blijven en op een dag met een zucht in elkaar zakt" (De zucht naar het westen, p.55). Ruim een kwart eeuw later, bij de terroristische aanslag op de Twin Towers van 11 september 2001, kwam deze voorspelling uit.
Nootebooms werk behoort tot het meest vertaalde Nederlandse werk; in het Duits, het Engels, het Spaans, het Frans, het Turks, het Hongaars en veel andere talen. Vooral in het Duitse taalgebied is Nooteboom een echte bestseller-auteur, waar de vertaling soms nog eerder verkrijgbaar is dan het Nederlandse origineel in Nederland.
Op 10 december 2003 werd bekend dat hem de P.C. Hooft-prijs 2004 was toegekend. De prijs kreeg hij op 21 mei 2004 uitgereikt.
Op 24 juli 2005 trad hij op in het programma Zomergasten bij de VPRO.
Op 4 september 2006 werd hem een eredoctoraat verleend door de Radboud Universiteit in Nijmegen. Bij deze gelegenheid sprak hij de Radboudrede uit.
Hij maakt vaak gebruik van raamvertellingen, die soms nog eens gesplitst zijn in onderdelen. De onderdelen waarin hij zijn romans verdeelt, zijn meestal ook in een verschillende stijl geschreven. Naar het einde toe laat hij de scheiding tussen kern- en kaderverha(a)l(en) vervagen, zelfs indien deze zich in een andere tijd en/of plaats afspelen. Personages die eventueel in voorgaande onderdelen zijn gestorven laat hij dan voortleven in nakomelingen. zodat het toch nog mogelijk is alle onderdelen tot een geheel te doen versmelten.
Hij probeert de sfeer in zijn boeken te creëren door het verwerken van de toenmalige actualiteit en gedachtestromingen uit de tijd en plaats waarin het verhaal zich afspeelt.
Zijn hoofdpersonages zijn vaak complex of chaotisch.
Complexe liefde: de (hoofd)personages in zijn boeken beleven liefde en/of seksualiteit meestal niet op "normale" wijze (door driehoeksverhoudingen, kleine onderlinge sociale afhankelijkheid, groepsverkrachting zonder trauma's etc.).
Hij laat andere culturen in zijn boeken aan bod komen.
Paradijs verloren is een goed voorbeeld van deze kenmerken: het bestaat uit een verhaal in een verhaal in een verhaal; een gelaagde hiërarchie van raamvertellingen dus. In deze roman zijn de kaderverhalen en het kernverhaal nog eens opgesplitst in verschillende onderdelen, elk in een andere stijl geschreven. Op het einde zijn alle belangrijke personages uit alle onderdelen bij elkaar en is het onderlinge verband duidelijk. Ook is een van de hoofdpersonages, Alma, een vrij chaotisch personage, dat in het begin van het (kern)verhaal wordt verkracht door een groep mannen in een achterbuurt van São Paulo, maar er geen trauma's aan overhoudt. Ook komt de cultuur van de Aboriginals veel aan bod in het boek.
Privé
In 1957 trouwde hij in New York met Fanny Lichtveld, dochter van de Surinaamse minister Frans Lichtveld en het nichtje van schrijver Albert Helman. In 1964 volgde een scheiding waarna hij een relatie aanging met zangeres Liesbeth List, voor wie hij tussen 1965 en 1979 ook een aantal teksten schreef. List verliet hem gedesillusioneerd en verklaarde later Nooteboom als zeer dominant te hebben ervaren.[3] In het programma 'Het laatste woord' van Jeroen Pauw verklaarde List dat hij haar sloeg.[4]. In 1979 leerde hij de fotografe Simone Sassen kennen; zij werd zijn levenspartner.[5] In 2016 trouwde hij op 83-jarige leeftijd met haar. Vanaf 1970 woont hij in een vroeg-achttiende-eeuws huis in de oude binnenstad van Amsterdam.
1971 - Bitter Bolivia; Maanland Mali. Amsterdam: De Bezige Bij.
1978 - Open als een schelp - dicht als een steen: gedichten. Amsterdam: De Arbeiderspers. ISBN 90-295-3261-0
1978 - Een avond in Isfahan: reisverhalen uit Perzië, Gambia, Duitsland, Japan, Engeland, Madeira en Maleisië. Amsterdam: De Arbeiderspers. ISBN 90-295-3260-2
1980 - Nooit gebouwd Nederland. Redaktieraad: D. Boon Czn; idee en samenst.: Cees de Jong ... [et al.]; tekst: Cees Nooteboom. Amsterdam: Koninklijk Verbond van Grafische Ondernemingen
1981 - De halve wereld. Utrecht: Knippenberg (Bulkboek; nr. 113).
1981 - Voorbije passages. Amsterdam: De Arbeiderspers. ISBN 90-295-3265-3
1981 - Een lied van schijn en wezen. Amsterdam: De Arbeiderspers. ISBN 90-295-3263-7
1981 - Voorbije passages 2 (reisverhalen)
1982 - Gyges en Kandaules: een koningsdrama. Amsterdam: Arbeiderspers. ISBN 90-295-3268-8
1982 - Mokusei!: een liefdesverhaal. Amsterdam: De Arbeiderspers. ISBN 90-295-3269-6
1991 - Rollende stenen, getijde. Cees Nooteboom gedichten; tek. en schilderijen Jan van den Berg. Eindhoven: Stichting Plint. ISBN 90-70463-08-3, ISBN 90-70463-07-5
1991 - De verliefde gevangene: tropische verhalen. Amsterdam: Muntinga. ISBN 90-6766-098-1
1998 - Zelfportret van een ander: dromen van het eiland en de stad van vroeger = Autoritratto di un altro: sogni dell'isola e della città d'un tempo. Trad. [dall'olandese] di Fulvio Ferrari. Milano: Crocetti
1999 - Het literair reisboek: voor lezers die van reizen houden en reizigers die graag lezen. [Cees Nooteboom ... et al.]. Amsterdam: De Bijenkorf. ISBN 90-71442-85-3
1999 - Rijmpost. Wiel Kusters, Cees Nooteboom; [lino's] Angèle Reinders. Maastricht [etc.]: St De Lange Afstand.
1999 - Zo kon het zijn: gedichten. Amsterdam [etc.]: Atlas. ISBN 90-450-0387-2
2005 - Het behouden huis. Amsterdam: De Bezige Bij
2005 - Engelen: over de schoonheid van stille boodschappers. [foto's] Clemens Zahn; vert. [uit het Duits] Pieter Cramer; [essay Cees Nooteboom; naw. Claudia Lanfranconi; samenst. Karin Mayer ... et al.]. 's-Gravenhage: BZZTôH. ISBN 90-453-0189-X
2005 - Het geluid van Zijn naam: reizen door de islamitische wereld. Amsterdam: Atlas. ISBN 90-450-1581-1
2005 - De slapende goden | Sueños y otras mentiras (een livre de peintre met lithografieën van Jürgen Partenheimer, Gent: Ergo Pers)
2006 - Waar de herinnering woont. Amsterdam: Eldorado. ISBN 1-13-020008-6
2007 - Tumbas: graven van dichters en denkers. Met foto's van Simone Sassen; [literaire red.: Susanne Schaber]. Amsterdam (etc.): Atlas. ISBN 978-90-450-0030-5
2008 - Licht overal. Met etsen van Hugo Claus. [Amsterdam]: Boekhandel De Slegte. ISBN 978-90-811859-2-9
2008 - Reizen een vorm van mediteren. Haarlem: Stichting Haarlem Boekenstad
2008 - Ultima Thule: een reis naar Spitsbergen: foto's met een essay van Cees Nooteboom. Simone Sassen. Amsterdam: De Bezige Bij. ISBN 978-90-234-3715-4
2008 - Verleden als eigenschap: kronieken 1961-1968. Gekozen en ingeleid door Arjan Peters. Amsterdam (etc.): Atlas. ISBN 978-90-450-0914-8
2009 - 's Nachts komen de vossen: verhalen. Amsterdam: De Bezige Bij. ISBN 978-90-234-3870-0
2009 - Berlijn 1989-2009. Met foto's van Simone Sassen. Amsterdam: De Bezige Bij. ISBN 978-90-234-4139-7
2019 - Venetië-de leeuw, de stad en het water. Met foto's van Simone Sassen. Amsterdam: De Bezige Bij. ISBN 978 94 031 4270 8
Secundaire literatuur (selectie)
1982 - De tijd en het labyrint: de poëzie van Cees Nooteboom 1956-1982. Roger Rennenberg. 's-Gravenhage: BZZTôH, 1982. ISBN 90-6291-131-5
1983 - Over "Rituelen" van Cees Nooteboom. Jaap Goedegebuure. Amsterdam: De Arbeiderspers, 1983. ISBN 90-295-3256-4
1984 - Over Cees Nooteboom: beschouwingen en interviews. red. Daan Cartens. 's-Gravenhage: BZZTôH, 1984. ISBN 90-6291-150-1
1984 - Fernand Bonneure, Cees Nooteboom, in: Brugge Beschreven. Hoe een stad in teksten verschijnt, Brussel, Elsevier, 1984.
1989 - Cees Nooteboom. Themanummer BZZLLETIN 168, september 1989.
1991 - Cees Nooteboom: het oog als camera. Gerard Koster. Lelystad: Stichting IVIO, 1991
1997 - Cees Nooteboom: Ik had wel duizend levens en ik nam er maar één!. [red.: Harry Bekkering ... et al.]. Amsterdam: Atlas, 1997. ISBN 90-254-2337-X
1997 - Zichzelf kan hij niet zien: een lectuur van de roman 'Rituelen' van Cees Nooteboom. Hilde van Belle. Leuven: Universitaire Pers Leuven, 1997. ISBN 90-6186-809-2
2003 - De atlas van Nooteboom. [foto's:] Eddy Posthuma de Boer; [tekst:] Margot Dijkgraaf. Amsterdam: Atlas, 2003. ISBN 90-450-0830-0
2004 - Taal en cultuur in vertaling: de wereld van Cees Nooteboom. Stefaan Evenepoel, Guy Rooryck & Heili Verstraete (red.). Antwerpen, Apeldoorn: Garant, 2004. ISBN 90-441-1668-1
2006 - De grenzeloze wereld van Cees Nooteboom. [bijdragen van Kees Blom ... et al.]. Nijmegen: Radboud Universiteit Nijmegen, 2006. ISBN 90-78221-03-8, ISBN 978-90-78221-03-6
2006 - In het oog van de storm: de wereld van Cees Nooteboom: essays over zijn oeuvre. [Jacques Beaudry ... et al.; vert. door Margreet Schopenhauer ... et al.]. Amsterdam: Atlas, 2006. ISBN 90-450-1260-X geb, ISBN 978-90-450-1260-5
2012 - Cees Nooteboom: een profiel: een documentaire. Hans Dütting. Soesterberg: Aspekt, 2012. ISBN 978-90-5911-732-7
2013 - Nomadic literature: Cees Nooteboom and his writing. Jane Fenoulhet. Oxford: Peter Lang, 2013. ISBN 978-3-0343-0729-1
2013 - Met lopen nooit meer opgehouden: in gesprek met Cees Nooteboom. Piet Piryns. Amsterdam: De Bezige Bij, 2013. ISBN 978-90-234-7861-4
2013 - Alles voor het eerst: geen verjaardagsbrief voor Cees Nooteboom. Alberto Manguel. Amsterdam: De Bezige Bij, 2013. ISBN 978-90-234-7851-5
Cees Nooteboom als vertaler
1962 - De duivelshaan: een satirische fantasie. Sean O'Casey; vert. [uit het Engels] Cees Nooteboom. Amsterdam: De Bezige Bij, 1962
1969 - De man van morgen. Brendan Behan; [vert. uit het Engels door Gerard Kornelis van het Reve]. De gijzelaar / Brendan Behan; [vert. uit het Engels door Cees Nooteboom]. Amsterdam: De Bezige Bij, 1965
1969 - De grote dierentuin. Nicolás Guillén; vert. [uit het Spaans door] Cees Nooteboom. Amsterdam: De Bezige Bij, 1969
1971 - Listen to the warm = Liefde in woorden. Rod McKuen; [vert. uit het Engels door Cees Nooteboom]. Amsterdam: De Bezige Bij, 1971
1971 - De uitvinding van Wals: toneelspel in drie bedrijven. Vladimir Nabokov; vert. [uit het Engels] door Cees Nooteboom. Amsterdam: De Bezige Bij (etc.), 1971
1983 - Rooksignalen. Michael Krüger; vert. [uit het Duits] door Cees Nooteboom. Amsterdam: De Bezige Bij, 1983. ISBN 90-234-1166-8
1990 - De meester van het winterlandschap. Leonard Nathan; keuze en vert. [uit het Engels door] Cees Nooteboom. Amsterdam: De Arbeiderspers, 1990. ISBN 90-295-3211-4
1990 - Idyllen, illusies: dagboekgedichten. Michael Krüger; vert. [uit het Duits door] Cees Nooteboom. Amsterdam: De Bezige Bij, 1990. ISBN 90-234-4691-7
1995 - El gran zoo. [gedichten Nicolás Guillén; vert. uit het Spaans door Cees Nooteboom; zeefdrukken van: Ángel Manuel Ramírez Roque ... et al.]. Orvelte: Stichting Pro-Graph, 1995. ISBN 90-70385-08-2
2006 - Ode aan de typografie. van Pablo Neruda; vert. [uit het Spaans] door Cees Nooteboom; [ill. Frans de Kock ... et al.]. Moergestel [etc.]: Van Kempen, 2006.
2010 - Letters ga door met vallen. Pablo Neruda; [vert. uit het Spaans Cees Nooteboom]. Antwerpen: Het Gonst, 2010
2012 - Voor het onweer. Michael Krüger; vert. [uit het Duits] door Cees Nooteboom. Amsterdam: De Bezige Bij, 2012. ISBN 978-90-234-7174-5