בכתב היד נמצאים כל ששת סדרי המשנה, והוא גם מנוקד במלואו. הכותב והמנקד אינם אותו אדם, וכך נוצר למשל המצב בו ישנן מילים הכתובות בכתיב מלא, אך מנוקדות כאילו הן כתובות בכתיב חסר. עם זאת, מניחים שמנקד אחד הוא שניקד את כתב היד כולו (למעט כמה עמודים בסדר טהרות, ראו להלן). הנקדן היה כנראה מן המסורת הספרדית, שבה מתחלפים הפתח עם הקמץ והצירי עם הסגול. אמנם בדרך כלל ההבדל נשמר, אך אפשר למצוא: צַריך, ואם קָדָם הקטון, אַמַה, עומֶד, עושֵה.
הבלשן יחזקאל קוטשר הוכיח כי כתב יד קאופמן הוא כתב היד המדויק ביותר של המשנה המצוי בידינו[1]. בהוכחתו הביא קוטשר מספר ראיות לכך שכתב היד משמר מסורת מהימנה של לשון חז"ל נוסח ארץ ישראל וחף במידה רבה מתיקוני מעתיקים:
הוא משמר צורות מקוריות של לשון חז"ל, ואינו מחליף אותן בצורות מקראיות: טִיבור ולא טבור כבמקרא, סְכין ולא סַכין, אדן ולא אדם ועוד. הוא מזוהה עם המסורת המערבית של לשון חז"ל, כלומר עם הניב הארץ-ישראלי ולא הבבלי.
ציון הדיפתונג ay בסופי מילים נעשה בכתב היד בציון יו"ד כפולה (לדוגמה "רשיי" ולא "רשאי"). צורה זו הייתה הנהוגה בארץ ישראל, כפי שמעידות כתובות מהתקופה.
השמות הפרטיים "אליעזר" ו"אלעזר" מופיעים בכתב היד לפעמים כ"ליעזר" או "לעזר" (הנקדן הוסיף את תנועת האל"ף החסרה לפני המילה). צורה זו אף היא אופיינית לנהוג בארץ ישראל באותה תקופה, והיא מלמדת על נטייה שהייתה אז להשמיט אל"ף בתחילת מילים, בעיקר כשאחריה תנועה חטופה.
השם המקראי "הלל" מנוקד בו הֶלֵּל או הֶילֵּל. צורה זו תואמת את תעתיק השם בתרגום השבעים, ומכאן שהיא מעידה על ההגייה הרווחת באותה תקופה.
כינוי הגוף "את" מתייחס לעיתים לזכר, במקום "אתה". עדות נוספת לכך שהטקסט לא שונה בידי מגיהים על פי הנהוג במקרא. בדומה, כינוי הגוף לנסתרים הוא כמעט תמיד "הן", במקום "הם".
שני עמודים במסכת נידה וחמישה עשר עמודים ממסכת זבים עד סוף סדר טהרות נכתבו ונוקדו על ידי אדם אחר, שאיננו לא הסופר ולא הנקדן של רוב כתב היד. עמודים אלו מכונים "כתב יד קאופמן 2" ומסומנים ק2, לעומת עיקר כתב היד המסומן ק או ק1.
מהדורה מדעית
בחודש אב תשע"ז (אוגוסט 2017) יצאה לאור מהדורה מודפסת של סדריזרעים ומועד על פי כתב היד על ידי מפעל המילון ההיסטורי בהוצאת האקדמיה ללשון העברית[2]. בתשע"ט יצא הכרך השני (מתוך שלושה) המכיל את סדרי נשים ונזיקין. הכרך השלישי - קדשים–טהרות - יצא בשנת תשפ"ב.