El seleccionado de Moldavia nació en 1991 tras la independencia de este al quebrarse la Unión de Repúblicas Socialistas Soviéticas. Antes de ese año, los jugadores de origen moldavo jugaban en la Selección de la Unión Soviética y algunos en la selección de fútbol de Rumania.
Su mejor resultado deportivo fue el quinto puesto en su grupo rumbo al mundial 2014, logrando 11 puntos luego de vencer a San Marino en 2 ocasiones, a Montenegro en 1 ocasión y obtener empates ante Ucrania y Polonia.