Fischer studierte von 1972 bis 1978 Provinzialrömische Archäologie, Vor- und Frühgeschichte, Alte Geschichte, Mittelalterliche Geschichte und Klassische Archäologie in Regensburg, Tübingen und München, wo er 1978 promoviert wurde. 1978/79 war er wissenschaftlicher Mitarbeiter in einem Forschungsprojekt zum ostraetischen Donaulimes und nahm an Ausgrabungen in Künzing und Eining teil. Von 1979 bis 1984 war er Wissenschaftlicher Referent beim Bayerischen Landesamt für Denkmalpflege, zuerst für den Regierungsbezirk Oberbayern–Nord, ab 1980 für den Regierungsbezirk Oberpfalz. 1984 wurde er Wissenschaftlicher Referent der Abteilungen Frühes Mittelalter und römische Numismatik an der Prähistorischen Staatssammlung in München. Von 1992 bis zu seiner Emeritierung 2015 war Fischer Professor für die Archäologie der römischen Provinzen am Archäologischen Institut der Universität zu Köln. Er ist korrespondierendes Mitglied des Deutschen und des Österreichischen Archäologischen Instituts.
Schriften (Auswahl)
Das Umland des römischen Regensburg. Mit einem anthropologischen Beitrag von Peter Schröter (= Münchner Beiträge zur Vor- und Frühgeschichte, Band 42). Text- und Tafelband, C. H. Beck, München 1978, ISBN 3-406-33450-4 (Überarbeitete und gestrafte Fassung der Dissertation Universität München 1978).
mit Erika Riedmeier-Fischer: Der römische Limes in Bayern. Geschichte und Schauplätze entlang des UNESCO-Welterbes. Pustet, Regensburg 2008, ISBN 978-3-7917-2120-0; 2. überarbeitete Auflage 2017, ISBN 978-3-7917-2906-0.
Das Römerkastell Eining und seine Umgebung, Archäologie in Bayern. Ein Führer. Friedrich Pustet, Regensburg 2016, ISBN 978-3-7917-2841-4.
Die Villa Rustica von Möckenlohe und die römische Landwirtschaft in Bayern. Ein Führer. Friedrich Pustet, Regensburg 2017, ISBN 978-3-7917-2865-0.
mit Karlheinz Dietz: Regensburg zur Römerzeit. Von Roms nördlichster Garnison an der Donau zur ersten bairischen Hauptstadt. Friedrich Pustet, Regensburg 2018, ISBN 978-3-7917-2976-3.
Gladius. Roms Legionen in Germanien. Eine Geschichte von Caesar bis Chlodwig. C. H. Beck, München 2020, ISBN 978-3-406-75616-0.
Literatur
Peter Henrich, Christian Miks, Jürgen Obmann, Martin Wieland (Hrsg.): Non solum … sed etiam. Festschrift für Thomas Fischer zum 65. Geburtstag. Verlag Marie Leidorf, Rahden/Westf. 2015, ISBN 978-3-89646-081-3 (S. XII Lebensdaten; S. XV–XXVII Schriftenverzeichnis).