Da François und Marguerite Vetter und Kusine zweiten Grades waren, war für die Eheschließung ein päpstlicher Dispens erforderlich.
Ihre Kinder waren:
François II. (* 31. Juli 1540; † 19. Dezember 1562 in der Schlacht bei Dreux), 1562 Duc de Nevers, Comte d’Auxerre, de Rethel et d’Eu, Pair de France, Gouverneur von Champagne;
Henriette (* 31. Oktober 1542 in La Chapelle d‘Angillon; † 24. Juni 1601[3] in Paris), 1564 Duchesse de Nevers, 1564 Comtesse und 1581 Duchesse de Rethel
⚭ 4. März 1565 in Moulins Luigi Gonzaga (* 1539; † 1595), 1581 Duc de Nevers, Duc de Rethel, Pair de France. Gouverneur von Champagne und Brie
Jean-Jacques (* 1. Oktober 1544 in Nevers; † 6. September 1564 in Montigny bei Lyon), 1562 Duc de Nevers, Comte d’Auxerre, de Rethel et d‘Eu, Pair de France
Marguerite de Bourbon wurde 1553 Dame de la Maison des Filles de France. Sie starb am 20. Oktober 1559 im Schloss La Chapelle d’Angillon, sechs Tage vor der Vollendung ihres 43. Lebensjahres, und wurde in der Kathedrale von Nevers bestattet.
Jean Chrétien Ferdinand Hoefer: Nouvelle biographie générale depuis les temps les plus reculés jusqu’à nos jours. Band 37. Firmin Didot frères, Paris 1863, Sp. 817 (Digitalisat).
Patrick Van Kerrebrouck (Hrsg.), Nouvelle histoire généalogique de l’auguste Maison de France, Band 4, dito, La Maison de Bourbon, Villeneuve-d’Ascq, 1987, S. 104