Heinrich IV. von Frankreich war sein zweiter Sohn. Mit seinem Bruder Louis I. de Bourbon war er der Führer der hugenottisch-bourbonischen Verbindung gegen die Guisen, wurde aber verhaftet und erst nach dem Tod Franz’ II. (am 5. Dezember 1560) befreit und von den Häuptern des Katholizismus zum Abfall von seinen Glaubensgenossen bewogen. Anton wurde hierauf Generalstatthalter des Reichs, schloss sich dem katholischen Triumvirat des Herzogs François de Lorraine, duc de Guise, des Connétable von Montmorency und des Marschalls von Saint-André an, kämpfte gegen die Hugenotten, nahm Bourges ein und belagerte 1562 Rouen. An den Folgen einer hier erhaltenen Verwundung starb er am 17. November 1562 in Les Andelys.
Aus seiner Ehe mit Jeanne d’Albret, der Königin von Navarra, stammen folgende Kinder:
Alphonse de Ruble: Jeanne d’Albret et la guerre civile, Suite de Antoine de Bourbon et Jeanne d’Albret. Émile Paul et Guillemin, Paris 1897 (französisch); Textarchiv – Internet Archive.
Henri Hauser: Antoine de Bourbon et l’Allemagne, 1560–1561. In Revue historique, 16e année, tome 45, Paris, Félix Alcan Éditeur, Januar–April 1891, S. 54–61 (französisch). gallica.bnf.fr
Nicola Mary Sutherland: « Antoine de Bourbon, King of Navarre and the French Crisis of Authority, 1559–1562 » In: Princes, Politics and Religion, 1547–1589. The Hambledon Press, London 1984, S. 55–72 (englisch).