Byen blev grundlagt på det nordligste punkt i Hondsrug-området. De første skriftlige kilder, som nævner Groningen, er fra 1040. De første større bosættelser i området omkring Groningen er sporet tilbage til 200-tallet.
På 1200-tallet var Groningen et vigtig handelscenter, og indbyggerne byggede bymure. Byen havde stor magt over de omliggende områder og gjorde sin dialekt til det almindelige sprogform i området. Byens mest betydningsfulde periode var i 1400-tallet, da den nærliggende provins Frisland blev styret fra Groningen. I disse år blev Martinitoren (Martinitårnet) bygget. Det havde en højde på 127 meter og var den højeste bygning i Europa på denne tid. Byen mistede selvstændighed, da den valgte at støtte Det spanske rige under firsårskrigen i 1594. Senere byttede den side og blev medlem af de Forenede Nederlande.
Byen slap ikke lige så heldigt fra 2. verdenskrig; i april 1945 blev særlig området omkring markedspladsen Grote Markt ødelagt. Martinitoren, kirken, Goudkantoor og rådhuset blev ikke ødelagt. Slaget i byen varede i flere dage.
Økonomi
Groningen er en vigtig handelsby for det nordlige Nederland. Byen har mange servicefunktioner for gasindustrien, og har videre madvareindustri med forædling af sukker, tobak og kaffe. I løbet af de senere år er der kommet til en del arbejdspladser knyttet til IT.
Kunst og kultur
Som universitetsby, provinshovedstad og centerby for det nordlige Nederland har Groningen et varieret kulturtilbud. Groninger Museum er det mest berømte museum i byen, og rumme kunstudstillinger. Det er blandt de mest besøgte museer i landet. Byen har også det nationale tegneseriemuseet, desuden blandt andet bymuseum og universitetsmuseum. Der findes også flere teater- og musikscener.
Studenterby
Universitetet i Groningen (Rijksuniversiteit Groningen) er et offentligt universitet med omkring 23 000 studenter og 4 450 ansatte (2007). Desuden findes der en handelshøjskole i byen, Hanzehogeschool Groningen, med omtrent lige så mange studenter som universitetet. Groningen er dermed præget af at være en studenterby.