Po vyloučení jednoho týmu byla zbylá dvanáctka účastníků rozlosována do čtyř skupin po třech týmech, ve kterých se utkal každý s každým dvoukolově doma a venku. Druhá a třetí fáze se hrála vyřazovacím systémem doma a venku. Vítěz třetí fáze postoupil na MS. Dvojutkání druhé fáze mezi týmy Salvador a Honduras dokonce vyústilo ve válečný konflikt mezi oběma zeměmi, kvůli němuž zahynulo celkem přibližně 2 100 lidí.
Týmy Salvador a Honduras měly stejný počet bodů a o postupu tak musel rozhodnout zápas na neutrální půdě. Po odvetném utkání propukly násilné incidenty, které vyústily v ozbrojený konflikt.