Zakladatelem kapituly v Českých Budějovicích byl rakouský císařJosef II., který stanovil hodnosti a počet členů kapituly na tři dignity – preláty (probošt, děkan, kustod) a čtyři kanovníky, přičemž jeden z kanovníků měl zastávat funkci českobudějovického děkana a z řad kanovníků měl být vybírán generální vikář českobudějovické diecéze. V roce 1871 byla zřízena instituce čestných kanovníků této kapituly, prvním čestným kanovníkem byl jmenován Jan Cori.
Dvorním dekretem jim bylo dovoleno nosit oválný odznak, na jehož jedné straně bylo vyryto jméno patrona katedrály, na straně druhé jméno zakladatele. Později, na žádost budějovického biskupaFrantiška Schönborna, papež Lev XIII. dovolil, aby odznak, vložený do rubínového emailového kříže s bílým okrajem, kanovníci nosili na zlatém či pozlaceném řetězu. Kapitulní probošt a děkan dostali i tzv. právo pontifikálií.
Původně tvořili kanovníci poradní sbor biskupův a jako členové konzistoře vyřizovali přidělené referáty, vypomáhali v duchovní správě, v církevních školách působili jako pedagogové a inspektoři, významně působili také i v katolických spolcích. Kapitula, jejíž kontinuita nebyla nikdy přerušena, podléhá přímé autoritě diecézního biskupa a je samostatnou právnickou osobou.
Posláním kapituly je vykonávat v katedrále sv. Mikuláše slavnostnější bohoslužby, udržovat a pečovat o důstojnost a slavnostní charakter liturgie, plnit povinnosti a úkoly, které jí určí diecézní biskup.
V roce 1987 měla kapitula už jen dva kanovníky, a proto musela být její činnost pozastavena. Opět byla obnovena v roce 2000, kdy byli jmenováni čtyři noví sídelní kanovníci a čtyři čestní kanovníci.
Stanovy kapituly se v průběhu dějin několikrát upravovaly, aby lépe odpovídaly potřebám doby. Poslední úprava stanov byla provedena roku 2012[p 1] a řídí se ve své činnosti platným Kodexem církevního práva.
Katedrální kapituly měla od svého založení až do současnosti[p 2] 91 sídelních kanovníků a 57 čestných kanovníků.
Slavnostní liturgie nešpor a instalace nově jmenovaných kanovníků katedrální kapituly u sv. Mikuláše (svátek Povýšení sv. Kříže, 14. září2012), kostel Obětování Panny Marie - České Budějovice), brožura vydaná biskupstvím českobudějovickým, České Budějovice2012.