|
HomoloGeneHomoloGene, una eina del National Center for Biotechnology Information (NCBI o Centre Nacional d'Informació Biotecnològica) dels Estats Units, és un sistema per a la detecció automatitzada d'homòlegs (similitud atribuïble a la descendència d'un avantpassat comú) entre els gens anotats de diversos genomes eucariotes completament seqüenciats.[1] El processament HomoloGene consisteix en l'anàlisi de proteïnes dels organismes introduïts. Les seqüències es comparen mitjançant blastp, després es combinen i es posen en grups, utilitzant un arbre taxonòmic construït a partir de la similitud de seqüències, on primer s'afegeixen els organismes més semblants i després s'afegeixen altres organismes a l'arbre. Les alineacions de proteïnes es mapegen de nou a les seves seqüències d'ADN corresponents, i després es poden calcular les mètriques de distància com a distàncies moleculars Jukes i Cantor (1969), la proporció Ka/Ks. Les seqüències es combinen utilitzant un algorisme heurístic per maximitzar la puntuació globalment, en lloc de localment, en una concordança bipartida (vegeu graf bipartit complet). I després calcula la significació estadística de cada partit. Es fan talls per posició i s'estableixen valors Ks per evitar que els "ortòlegs" s'agrupin. "paralogs" s'identifiquen trobant seqüències més properes a les espècies que altres espècies. Aquest recurs va deixar de fer actualitzacions el 2014.[2] Referències
|