El club va ser fundat com a Club Deportivo Motagua el 29 d'agost de 1928 per iniciativa de Marco Antonio Ponce i Marco Antonio Rosa. S'havien desfet els clubs America, Honduras, Athletic i Aguila, i es demanà als seus jugadors que s'unissin al nou nat Motagua. A més del futbol es crearen seccions de basquetbol femení, beisbol i atletisme. És el segon club amb més lligues al país. A partir de 2017 adoptà el nom Fútbol Club Motagua.[1][2]
1968–69, 1970–71, 1973–74, 1978–79, 1991–92, 1997–98 A, 1997–98 C, 1999–2000 A, 1999–2000 C, 2001–02 A, 2006–07 A, 2010–11 C, 2014–15 A, 2016–17 A, 2016–17 C, 2018–19 A
