La temporada de 1999 del Campionat d'Espanya d'enduro fou la 20a edició d'aquest campionat, organitzat per la Reial Federació Motociclista Espanyola. El calendari oficial constava de 6 proves puntuables, celebrades entre el 28 de febrer i el 14 de novembre. Dues de les proves programades es disputaren als Països Catalans: Enduro de Reus (28 de febrer) i Enduro d'Artés (la darrera, el 14 de novembre).