Учи в Сяр, Солун и накрая завършва Първа мъжка гимназия в София. Родителите на Кръстьо Сарафов били твърдо против той да стане артист и го изпращат да учи в Одрин, за да го откъснат от любовта му към театъра. В 1893 година завършва Одринската българска мъжка гимназия и се връща в България. В 1895 година се явява на конкурс за стипендии по драматично изкуство в чужбина. Приемат само 4 от 60 души и Кръстьо Сарафов е сред тях. Дебютира в ролята на Спиро Македонски („Стефан Караджа" – Т. Хаджистанчев) в театър „Зора" на Б. Пожаров (1891).
Заминава за Санкт Петербург и там се записва в частна драматична школа. Разочарован от системата на преподаване, през 1895 година Сарафов се мести в Императорското театрално училище при Александър Ленски и Владимир Давидов където завършва с отличен успех през 1899 година и се връща в България. Така Сарафов става един от първите български професионално подготвени актьори.
Дебютира в софийската театрална трупа „Сълза и смях“ на 3 октомври 1899 година в ролята на Борис Годунов („Василиса Мелентиева" – А. Н. Островски). Играе в „Сълза и смях“ до 1904 година, след това в Народния театър с кратки прекъсвания до 1952 година, където е актьор и главен режисьор (1915 – 1919). През 1905 заедно с Атанас Кирчев, Христо Ганчев, Адриана Будевска, Стоян Бъчваров и други основава пътуващия „Свободен театър“. Основател и пръв директор на оперетния театър „Ренесанс“ в София (1919), актьор и режисьор в Русенския градски театър (1922 – 1925), директор на Бургаския театър (1932 – 1934), актьор във Варненския общински театър (1935 – 1936), Пловдивския народен театър (1937 – 1938). Гастролира в Белградския народен театър (1936 – 1937), участва в турнето на част от трупата в САЩ и Канада (1937).
ДВТУ (ВИТИЗ, НАТФИЗ) в София носи името на Сарафов от 1951 година.
Председател е на Съюза на драматическите и оперни артисти в 1924 – 1925 година.
Произхождащ от виден македонски български род и по-малък брат на революционера и председател на Върховния комитет на Македоно-одринската организация Борис Сарафов, Кръстьо Сарафов участва в живота на македонската емиграция в България. Сарафов е член на Софийското македоно-одринско дружество, най-многочисленото и най-силното в МОО. Заедно с председателя Михаил Ковачев в 1901 година Сарафов оказва съпротива на опитите на крилото на генерал Иван Цончев да овладее дружеството. На общото събрание на 21 октомври 1901 година Сарафов бие с бастуна си един от Цончевите привърженици.[5] Сарафов е член-учредител на Македонския научен институт.[6] Негов личен архивен фонд се съхранява в Държавна агенция „Архиви“.[7]
↑Гаджев, Иван. История на българската емиграция в Северна Америка: Поглед отвътре. Т. 1. 1860-1944. Институт по история на българската емиграция в Северна Америка „Илия Т. Гаджев“, Издателска къща „Гутенберг“, 2003. ISBN 954-9943-44-5. с. 217.