Adipati Olomouc sejak tahun 1091, ia berseteru dengan sepupunya Borivoj II, yang ingin diusirnya, sehingga memicu perang saudara yang baru. Kaisar Henry V tidak dapat mengabaikan anarki di Bohemia. Ia memanggil Svatopluk, yang tidak berani menolak, menahannya dan membuatnya memulihkan Borivoj. Tak lama kemudian ia berdamai dengan Svatopluk dan membebaskannya. Svatopluk menjadikannya ayah angkat untuk putranya yang baru lahir, yang dibaptis sebagai Wenceslaus Henry.
Namun, Svatopluk kembali ke Bohemia untuk mengusir Borivoj. Pada tahun 1108, kaisar terpaksa campur tangan di Hungaria atas nama Pangeran Álmos melawan saudaranya Raja Coloman. Svatopluk bergabung di dalam ekspedisi tersebut, tetapi harus kembali ke Bohemia, di mana Borivoj menyerang dengan bantuan Boleslaus III dari Polandia, sekutu Coloman. Henry gagal merebut Pressburg dan Coloman dengan bebas menghancurkan Moravia (bagian wilayah Mahkota Bohemia). Henry ingin membalas intervensi Polandia yang mengakibatkan kegagalan Hungarianya. Ia menyerang Polandia dengan dukungan Svatopluk. Svatopluk dibunuh pada tanggal 21 September 1109 di dalam tenda kaisar di Pengepungan Głogów oleh seorang anggota keluarga Vršovice, yang pemimpinnya, Mutina, telah dihukum penggal olehnya atas dukungannya kepada Borivoj. Ia digantikan oleh Borivoj.
