Pondok Pesantren Darunnajah Banjarkulon Banjarmangu Banjarnegara didirikan ole Kyai H. Muhammad Iqbal 'Amar, selain pesantren saat ini telah ada pendidikan formalnya yaitu SMP Islam Darunnajah dan SMK Darunnajah dengan program keahlian/jurusan Teknik Audio Video dan Teknik Broadcasting Televisi dan Radio. Pendidikan dan pembinaan santri Pondok Pesantren Darunnajah dilaksanakan selama 24 jam dalam kurun waktu selama santri berada di Pondok Pesantren Darunnajah, maka pendidikan dan pembinaan santri dilaksanakan dalam serangkaian proses yang melalui beberapa fase yang saling terkait. Yang meliputi:
1. Orientasi masuk
Adalah merupakan kegiatan pra kondisi yang dilakukan terhadap santri baru. Proses pembinaan awal ini, dilaksanakan sebelum memasuki proses pendidikan dan pembinaan. Pada kegiatan ini sudah mulai dilakukan pemetaan kemampuan serta bakat dan minat santri.
2. Tindak lanjut orientasi
Pada proses ini santri digembleng untuk mendalami materi-materi yang didapatkan pada orientasi masuk. Tindak lanjut kegiatan orientasi masuk dilaksanakan dengan memberikan pembinaan secara intensif kepada santri baru dengan memberikan pendalaman materi – materi dasar yang harus dimiliki santri. Kegiatan ini dilaksanakan di masing-masing gang.
3. Masa pendidikan dan pembinaan
a. Kegiatan Pendidikan Formal
Adalah kegiatan belajar yang dilakukan di lembaga pendidikan melalui tatap muka yang alokasi waktunya telah ditentukan dan diperdalam dengan tugas-tugas.
Adapun kurikulum pada kegiatan pendidikan formal disesuaikan dengan kurikulum Depag untuk jenjang pendidikan tingkat SMP, SMK Darunnajah dengan spesifikasi keagamaan serta kurikulum Depdiknas dengan spesifikasi umum, untuk tingkat SMK dengan Program keahlian/Jurusan Teknik Audio Video dan Teknik Broadcasting Radio & Televisi.
Dalam rangka membentuk karakteristik santri Pondok Pesantren Darunnajah, maka perlu ada penanaman doktrin yang ditanamkan melalui kurikulum pada pelajaran lokal tentang doktrin. Kegiatan ini dilakukan pada kegiatan ekstra maupun intra pada pendidikan formal maupun kegiatan kepesantrenan. Materi dotrin disesuaikan dengan jenjang pendidikan pada masing-masing lembaga.
b. Kegiatan Kepesantrenan
Adalah kegiatan santri yang dilakukan di luar kegiatan pendidikan formal untuk menerapkan nilai pengetahuan, mengamalkan nilai-nilai keagamaan yang bersifat amaliah, memperluas wawasan dan kemampuan keagamaan yang telah dipelajari dari berbagai materi yang telah diberikan. Kegiatan kepesantrenan meliputi kegiatan di masing-masing gang, penanaman doktrin, kegiatan diniyah, kegiatan ubudiyah, integrasi nilai-nilai kepesantrenan, dan kegiatan Bimbingan dan Penyuluhan (BP).
c. Kegiatan Student Day
Adalah kegiatan pendidikan minat dan bakat yang dilaksanakan pada setiap malam selasa, malam jum’at dan hari jum’at yang ditangani oleh masing-masing Organisasi Daerah.
e. Kegiatan Kelompok Sorogan/Wetonan
Kegiatan ini dilaksanakan secara berkelompok. Seorang pembimbing maksimal membimbing 20 orang santri. Pengajian dengan metode ini lebih ditekankan kepada pencapaian kemampuan membaca dan memahami teks kitab yang menjadi sumber bahan.
Metode sorogan/wetonan ini lebih memungkinkan santri memperoleh kesempatan secara aktif membaca dan memahami isi kitab.
Dalam pelaksanaannya Ustadz menjadi salah seorang pembimbing kelompok sorogan kitab sekaligus menjadi koordinator kelompok sorogan kitab.
Disamping perlu adanya kelompok-kelompok yang mengkaji ilmu falakiyah, arudl, mawarits dan lain-lain.
f. Kegiatan Pengajian Kemisan
Pengajian kemisan merupakan kegiatan pengajian kitab kuning yang menjadi ciri khas pesantren. Kegiatan ini dimaksudkan untuk meningkatkan kemampuan santri dalam bidang agama Islam dengan mempergunakan teks kitab-kitab klasik yang telah menjadi kurikulum pesantren. Kegiatan ini dilaksanakan kamis singan s.d sore hari. Kegiatan ini dilaksanakan untuk masyarakt umum.
4. Orientasi akhir
Adalah kegiatan paripurna dalam rangka pemantapan dan pengkristalan nilai-nilai kesantrian. Kegiatan ini dilaksanakan dalam rangka memberikan pembekalan akhir sebelum santri terjun di masyarakat.
