Papain ialah enzim hidrolase sistein protease (EC 3.4.22.2) yang ada pada daun pepaya (Carica papaya) dan pepaya gunung (Vasconcellea cundinamarcensis).
Papain terdiri atas 212 asam amino yang distabilkan oleh 3 jembatan disulfida. Struktur 3 dimensinya terdiri atas 2 domain struktural yang berbeda dengan celah di antaranya. Celah itu mengandung tapak aktif, yang mengandung triade katalisis yang sudah disamakan dengan kimotripsin. Triade katalisisnya tersusun atas 3 asam amino - sistein-25 (yang diklasifikan dari sini), histidin-159, dan asparagin-158.
Papain biasa digunakan untuk memecah serabut daging liat dan telah dimanfaatkan selama ribuan tahun oleh penduduk asli Amerika Selatan. Papain juga dimanfaatkan untuk mendisosiasikan sel dalam langkah pertama persiapan kultur sel. Selain itu juga ditemukan sebagai bahan baku beberapa pasta gigi atau gula-gula sebagai pemutih gigi.
