Didirkan oleh bangsa Yunani pada abad ke-8 SM, Messina aslinya bernama Zancle (cangkul) karena bentuk pelabuhan alaminya.
Kota ini sempat dirusak pada 396 SM oleh bangsa Karthago.
Messina hampir hancur total oleh gempa bumi dan tsunami pada pagi hari tanggal 28 Desember1908 yang menewaskan 75.000 orang. Pada Juni 1955, Messina menjadi tempat konferensi perdana-perdana menteri Eropa yang menjadi andil terbentuknya Komunitas Ekonomi Eropa.
