Manatuto adalah kota di timur laut Timor Leste. Letaknya 87 km di sebelah timur Dili, ibu kota negara itu, di jalan menuju ke Baucau. Ini adalah salah satu dari sub-distrik dari Distrik Manatuto. Penduduk kota ini berjumlah 12.000 orang. Manatuto adalah ibu kota distrik yang memiliki nama yang sama.
